回校后，毛远新发起组织了哈军工红色造反团。他的特殊身份，使他成了当地的红卫兵领袖，叁与了哈尔滨以及东北地区的一系列的造反活动。
一九六八年五月十四日，辽宁省革命委员会成立，毛远新担任省革委会副主任，从此步入政界，被视为“可靠接班人”。不久，毛远新又担任了沈阳军区副政委、解放军总政治部副主任，成了名副其实的“东北王”。
毛远新跟江青的关系不错。江青视他如自己的儿子。在家中，江青喊毛远新的小名“小豆子”，而毛远新则喊江青为“妈妈”。毛远新在政治上步步紧跟江青。
一九七三年，大学恢复招生制度，张铁生在考试中交了白卷，却被毛远新封为“反潮流英雄”。
在批林批孔运动中，毛远新非常积极，他利用在辽宁把持的权力，将运动扩展到权力所及的一切地方。毛远新利用批“走后门”，“三箭齐发”，把批林批孔的矛头始终对着老干部。鞍山钢铁公司是全国、当然是辽宁省的重要大企业，毛远新借用氧气炼钢的比喻，大搞所谓的“吹氧会”，亦即“煽风点火会”，把与他们行进道路有异的干部打成“孔老二的徒子徒孙”，“走资派的社会基础”。
张铁生是毛远新亲自树立起六的“反潮流”样板。他所在的朝阳农学院一下子便红了起来。在一九七四年十二月召开的学习朝阳农学院教育革命经验现场会上，提出了“同十七年对着干”的口号。毛远新则利用朝阳农学院攻击华北农大的搬迁问题。
华北农业大学原为北京农业大学，在文革中，遵照毛主席“农业大学统统搬到农村去”的指示，由北京市搬到陕西省甘泉县清泉沟。这种搬迁有很多实际困难。后来，国务院考虑到北京附近需要有一所农学院，便作了将华北农大搬迁至离北京二百多里的河北逐县的决定，周总理亲自批示：同意。为了配合四人帮利用批林批孔对周恩来的打击，毛远新大打出手，在现场会上大喊大叫：“我听说一个大学到延安，说没地方住，没办法生活，从延安搬回来了，”还挖苦道：“还要在西北汪建点，把学院办到御和园去了，真是越办越高啊！”并恶狠狠地说：“那个学校从延安搬回来，本身是对文化大革命的反攻倒算，不管是谁批的，这笔账都要清算，在这个会上就是要拿朝农这块石头抛出去打他们！”显然，矛头是指向周总理的。
