一九六六年六月，文化大革命爆发，针对全国因文革造成的巨大混乱，刘少奇、邓小平主持中央日常工作，作出了向大中学校派出工作组的决定。在六月三日的政治局扩大会议上，又做出了“八条规定”。在此期间，毛泽东在杭州，刘少奇多次给毛泽东打电报汇报请示，都没有得到明确的答复。六月四日，刘少奇、邓小平去杭州向毛泽东汇报情况，并请毛泽东回京主持工作。
八月一日，中共八届十一中全会召开，陈伯达在会上指责“工作组做了坏事。”康生、江青等人攻击刘少奇。谢富治则把矛头指向邓小平“邓小平同志解放后变了。”
那时还没有人敢批评邓小平，谢富治是第一个，也是唯一的一个。因此他受到江青的赞赏，说他批得好。
一九六六年十月九日至二十八日，毛泽东主持中央工作会议。陈伯达把派工作组领导运动说成是“资产阶级反动路线”。林彪在会上公开点名攻击刘、邓是资反路线的代表。
十月二十四日，在第五小组会上，谢富治发言诬蔑刘少奇、邓小平：
刘邓主持的怀仁堂汇报会议是极不正常的。集中的表现是武断专行。他们既不按主席有关文化大革命总的批示原则办事，决定重大问题又不请示主席。他们完全不听坚持正确意见的同志的话，只听薄一波、胡克实、李雪峰等人的意见，甚至以他们子女的反映作为判断和决定国家大事的依据。刘少奇同志的右倾思想是一贯的，有时是形左实右。刘少奇在组织上也是搞宗派主义，搞私人势力，彭真能够一步登天就是例证。这是一种分裂党的、毫无党性的行为。最严重的是刘少奇对主席的态度，由不举毛主席的伟大红旗到平起平坐，发展到取而代之的恶劣做法是令人不能容忍的。
邓小平同志到北京工作以后，发展的很坏。他的错误很多，最根本的一条是不高举毛泽东思想伟大红旗。他不接近主席，对主席没有感情，抵触、以至反对毛泽东思想。什么形式主义，庸俗化等等反对学习主席著作的澜言不少是从他那里来的。邓小平在人们的印象中是一个三十年“一贯正确”的形象，在党内有很大的影响。这次批判资反路线的阻力之所以如此大，同这种影响无不关系。因此，彻底肃清刘邓的影响是很必要的。建议将他们的错误在更大范围内，起码在县团级公布和批判。
会议后，全国掀起了一场批判资产阶级反动路线的高潮。十一月十五日，公安部召开动员大会，谢富治传达了十月中央工作会议精神。在这次大会上，工作组受到了批判。
一九六六年十二月八日，谢富治给林彪写了报告，提出“很有必要对王光美的政治历史进行审查。建议成立一个专门小组负责进行。”他的目的，不在于王光美，而是要陷害刘少奇。十天后，王光美专案组成立了。
一九六七年五月十八日，谢富治在明确王光美专案组的任务时指示：“名为王光美专案组，重点是搞刘少奇的政治历史问题。”同年，他又对专案组人员做了更明确的指示：“搞王光美就是搞刘少奇。要抓住要害，抓住不放。”
为了制造刘少奇的“罪证”，谢富治逮捕了王光美的哥哥王光琦，后来又拘捕了北大党委委员苏士文及马国均等六人，对他们进行逼供。并对一九二七年在武汉同刘少奇一起搞工运的丁觉群进行指供、诱供。一九六七年九月二十五日，丁觉群声明：他被逼写的材料“是打破事实的框框写的。”谢富治又对一九二九年与刘少奇在沈阳同时被捕的孟用秦采用刑讯批斗的方法，连续批斗了九天，逼其按照他们的需要交待“材料”，后孟用秦在狱中先后二十次写书面声明，说他在逼供下写的关于刘少奇的材料是“虚构编造的，应该撤销。”但是，丁觉群、孟用秦的更正、申辩材料均被谢富治等人扣压或责令销毁。
一九六七年七月二十八日，谢富治接见中央政法口各单位的群众组织代表，煽动他们“革刘、邓、陶的命”，“把刘、邓黑司令部打垮。”
一九六八年五月二十八日，谢富治在向中央写的一个报告中，诬陷刘、邓是“中国赫鲁晓夫”，“反革命黑帮”。同年九月，谢富治指示公安部清档办公室工作人员从档案中查找“刘少奇、邓小平的反革命罪行”。于是一些经刘、邓签发的中央文电和正常工作中的批阅件均被指控为“反革命罪行”。
一九五五年，中央华南分局向中央请示“提早改变港澳地区地主成分”问题。同年四月十六日，刘少奇复电：对兼有工商业或其他正当职业的港澳地主，只要他要求回来，不进行反革命活动，可以保证不斗、不杀、不没收其带回来的财产。但不一定要限他带回财产。谢富治等人指控刘少奇是在包庇地主，“妄图复辟资本主义”。
一九五六年，刘少奇签发中央【关于挂象问题的通知】，称“今后机关在公共场所及会议室的挂象问题，均不做统一规定。是否挂象及挂什么人象，各地可根据具体情况自行决定”。谢富治认为这是“一大罪证”，批转给刘少奇专案组。
一九五一年三月，川西公安厅逮捕了张治中的旧部洪世禄，张治中给邓小平写信，请求从宽处理。邓把信批交西南公安部查处。经查，洪世禄主要是历史问题，没有大的现行罪行。邓批示：如无重大现行罪，可照顾一下张治中，从宽处理。八月六日，川西公安厅将洪释放。谢富治借这个批件，诬陷邓小平“包庇反革命分子”。
一九五七年，原江苏省副省长周一峰父亲周公谋，拟从香港返回大陆，去周一峰家逗留。公安部发现有派遣特务嫌疑，便将有关情况报请中央处理。邓小平批示：可由江苏省委酌情处理，但以将周公谋的情况正式通知周一峰同志为好。这样处理完全正确，谢富治却诬陷邓小平“包庇特务”。
一九五九年，公安部将获取的“日本破译机构对苏联密码侦收情况”和“日本捞取苏联侦察潜艇活动的浮标”两个情报，经邓小平、彭真等批准，依照贯例，通知了苏联。这是原经双方协议的正常情报交换关系。而谢富治却诬陷邓小平把“两个极其重要的情报，拱手送给了苏特机关安全委员会”。
一九六八年十月十三日至三十一日，中共八届十二中全会召开。会议批准了由江青、康生、谢富治等人炮制的【关于叛徒、内奸、工贼刘少奇罪行的审查报告】，决定“把刘少奇永远开除出党，撤销其党内外一切职务。”会议一开始，谢富治就发言指出：“完全拥护撤销刘少奇党内外一切职务，永远开除出党，交给广大革命群众公审。刘少奇隐藏这么多年，就是因为他結党营私，有个黑司令部。特别是邓小平，不仅是逃兵，而且伙同和包庇刘少奇干了大量的反革命活动，也应开除出党。陶铸是个叛徒，也要开除出党。”
