冯其庸著有《曹雪芹家世新考》、《论庚辰本》、《梦边集》、《漱石集》、《秋风集》等专著二十余种，并主编《红楼梦》新校注本、《红楼梦大词典》、《中华艺术百科大辞典》等书。

　　他还在研究中国文化史，古代文学史、戏曲史、艺术史等方面做出了成就，研究了中国大西部的历史文化艺术，著有考证丝绸之路和支架取经之路的大型摄影图册《瀚海劫尘》，获得学术界的高度評价。冯其庸还擅于书法和绘画，书法宗二王，画宗青藤白石。所作书画为国内外所推重，被誉为真正的文人画。