1924年2月3日生于江苏无锡县前洲镇。家贫困，幼年失学，在家种地，小学、中学均未能毕业。抗战胜利后考入苏州美专，两月后又因贫失学。

　　1943年毕业于私立无锡前洲青城中学。1943年下半年，冯其庸考上了省立无锡工业专科学校。期间曾得无锡著名画家诸健秋赏识。1944年7月因贫失学。1945年抗战胜利后考入苏州美专，两月后又因贫失学。

　　1948年毕业于无锡国专。受书法于王蘧常，后又与刘海粟、朱屺瞻、谢稚柳、唐云、启功、徐邦达，杨仁恺、周怀民、许麟庐诸先生游，于书画潜心学习。

　　1949年5月在苏南行署工作。

　　1950年任教于无锡市第一女中。

　　1954年调北京中国人民大学，历任讲师、副教授、教授等职。

　　1975年国务院文化组成立红楼梦校订组，任副组长，主管校注业务，前后七年，1982年出书。

　　1980年、1981-1982年，两度赴美在史坦福、哈佛、耶鲁、柏克莱等大学讲学。获富布赖特基金会荣誉学术证状。

　　1984年12月由国务院、外交部、文化部派往前苏联鉴定列宁格勒藏本《石头记》，达成两国联合出书协议。后又历访新加坡、马来西亚、韩国作学术讲演，均获高度评价。

　　1986年调任中国艺术研究院副院长。

　　1996年应邀访问德国、法国，并在柏林和巴黎考察两国所藏敦煌、吐鲁番文献。

　　1996年11月离休。

　　1998年5月25日至5月30日，在中国美术馆举办了“冯其庸书画展”。

　　1998年8月，冯其庸以76岁的高龄，第二次上帕米尔高原，于海拔4700米的明铁盖山口，发现玄奘取经回国的山口古道，此古道为玄奘回国以后1355年来的第一次发现。冯其庸的这一发现，轰动了中外学术界。

　　1998年10月4日至酒泉金塔县访汉代雄关肩水金关、地湾城。10月5日（旧历中秋节）至内蒙额济纳旗访古居延海、西夏黑水城、汉甲渠候官遺址，对以上各处都作了详细的调查。

　　2011年12月，冯其庸荣获文化部颁发的“中华艺文奖”终身成就奖。

　　2012年10月，冯其庸获中国人民大学首届吴玉章终身成就奖。

　　2017年1月，22日12时18分在北京逝世，享年93岁。