殿帅府太尉高俅，但有人小小触犯于他，便发来开封府，要杀便杀，要剐便剐。他的干儿子花花太岁，想霸占林冲的娘子，高俅就以“谋刺本官”的罪名，将林冲打入开封府死牢。上上下下都知林冲冤屈，但又都心甘情愿地要做高俅的帮凶，只有一个当案孔目孙定，为人耿直，主持公道，要周全林冲，质问开封府尹：“这南衙开封府难道不是朝廷的，是高俅家的！”府尹也知证据不足，将林冲免了死罪，断二十脊杖，刺配沧州牢城。于是押解林冲的两个公人董超、薛霸，各得了高俅5两金子，就要在野猪林里结果林冲的性命，揭取林冲脸上金印回来做表证，多亏鲁智深解救了林冲性命。
宋江设计拉卢俊义上梁山，卢俊义被官府关入大牢，卢俊义的管家李固，给刽子手蔡福送了50两黄金，要结果卢俊义性命。蔡福说：“你占了人家家产和老婆，要我帮你杀人，我吃不了这等官司。”李固又给他加了50两。蔡福还嫌少，说：“北京有名一个卢员外，只值得100两金？我不诈你，把500两金与我！”蔡福收了李固500两黄金，叫他明早来扛尸。但梁山要救卢俊义，给蔡福送了1000两黄金，1000两黄金比500两黄金大，并且蔡福也不敢得罪梁山，于是上上下下使钱，将卢俊义改为流刑。押送卢俊义的又是董超、薛霸——这两个鸟小人，因未能害死林冲，回来被高俅流配北京，为北京官府所用——李固就又各送他们一锭大银，请他们“多只两程，少则数里，结果了卢俊义性命”。可见当时公差在途中杀死被押送的犯人是很正常的事。后两个公人被浪子燕青杀死，救了卢俊义。
武松为兄长报仇，原本是想通过法律方式解决的，他将证据送到知县面前，要知县为他作主。但知县接受了西门庆的贿赂，就想把一件人命官司掩饰过去，对武松说：“你也是个都头，怎不省得法度？自古道‘捉奸见双，捉贼见赃，杀人见伤’，你又不曾捉得他奸，便要问他杀人公事，不可造次。”武松无奈，才杀死了潘金莲和西门庆。
小说中常常出现“管营”和“差拨”这两种角色。所谓“管营”，就是监狱长，“差拨”就是看守长；这是两种极为丑恶的人物。林冲初到沧州牢城，就有先到的犯人对他说：“此间管营、差拨，都只要诈人钱物。若无钱财送给他，就将你撇在土牢里，求生不生，求死不死。若得了人情，入门只说有病，不打你一百杀威棒；若不得人情，这一百棒直打得你个七死八活。”正说之间差拨过来了，问道：“哪个是新来的配军？”林冲答应一声，还没来得及掏出钱来，差拨就变了脸骂道：“你这个贼配军！在东京做出事来！我看你满脸都是饿纹，一世也不发迹！打不死，拷不杀的顽囚！你这把贼骨头好歹落在我手里！教你粉骨碎身！少间叫你便见功效！”林冲取出5两银子送给他后，他又问：“我与管营两人的都在这里？”林冲道：“这是送与差拨哥哥的，另有10两银子，烦差拨哥哥送与管营。”差拨马上又变脸笑道：“林教头，我也闻你的好名字。端的是个好男子！想是高太尉陷害你了。虽然暂时受苦，久后必然发迹。据你的大名，这表人物，必不是等闲之人，久后必做大官！”林冲又取出柴进书信，差拨说：“这一封信值一锭金子。”差拨将送给管营的银子扣下5两，与管营商量，说林冲有病，免了林冲一百杀威棒，并照顾他去看守天王堂。林冲又送几两银子，让差拨给他开了项上枷锁。那管营和差拨以后也不管林冲，由他自由自在。
武松在孟州牢城所遇情景，与林冲在沧州牢城遇到的一模一样。他到了牢城，也是先有囚徒来对他说：“你若有人情书信并银两，少刻差拨到来，便可送与他，若吃杀威棒时，也打得轻。若没有人情、银两，晚上给你吃两碗干黄仓米饭，趁饱把你带到土牢里，用绳子捆翻，藁荐卷了，塞了七窍，颠倒竖在墙边，不消半个更次便结果了性命，这个唤做‘盆吊’。或者把你捆了，用一袋黄沙压在你身上，也不消一个更次便死，这个唤‘土布袋’。”正说着话，差拨来了，见武松坐着不动，便说：“你也是安眉带眼的人，直须要我开口？说你是景阳冈打虎的好汉，阳谷县做都头，只道你晓事，如何这等不达时务！你敢来我这里！猫儿也不吃你打了！”武松哪里吃他这一套，说：“你指望老爷送人情与你？半文也没！精拳头有一双相送！看你怎地奈何我！”差拨大怒而去，要打武松的“杀威棒”；这杀威棒可不是玩的，一百棒下来，不死也只剩下一口气，太祖皇帝规定的这条法律，本身就只能导致司法人员舞弊受贿。但武松的“杀威棒”却被差拨的上司管营给免了，这个管营就是“金眼彪”施恩的父亲，滥用职权，捉着牢城营里八、九十个亡命囚徒，让施恩在快活林里开了一个酒肉店，强买强卖，又在快活林里当“市霸”，收“保护费”，连过路妓女都不放过，每月都有二、三百两银子进账。却不料被一个蒋门神夺去了。管营想让武松充当他的打手，重新夺回“快活林”。
宋江杀人被刺配江州牢城，他是官府中人，深知内情，便上上下下使银子，无人不喜欢他，让他到抄事房做了个抄事。但他故意不给押牢节级戴宗。戴宗便寻来牢里索要，大骂宋江道：“你这黑矮杀才，贼配军！倚仗谁的势，不送常例钱来给我？与我背起来！且打一百讯棍！”但营里众人都收了宋江的银子，一哄走了。宋江问道：“你要打我，我得何罪？”戴宗大喝道：“你这贼配军，是我手里行货！轻声咳嗽便是罪过！打死你只似打死一个苍蝇！”宋江说：“我不送常例钱便该死，那结识梁山泊吴学究却该怎地？”戴宗一听，大惊失色，原来他这样一个公人，却结识梁山泊贼人，地道的“警匪一家”。
小说也写了一些枉法行为，并非为了贪赃，而是出于“义”，道义，义气，作者对此是持赞许态度的，但毕竟还是枉法。阳谷县知县，先因为受贿而包庇西门庆，武松杀死西门庆后，又念武松上京为他办事的好处，就将证言改了，说“武松祭奠亡兄，嫂子不容，失手将嫂子杀死。西门庆与本妇通奸，前来强护，斗杀身亡。”报到东平府，府尹又怜武松仗义，把招稿都改得轻了，申报省院，又派人到京师替武松说情，最终将武松免去死罪，改为流配。
晁盖等人劫取蔡京十万贯生辰纲，事发后官府到郓城县来捉拿，正值郓城县衙门押司宋江值日。宋江担着血海似干系，稳住官差，飞马给晁盖报信，使晁盖一班人逃脱。宋江杀了阎婆惜藏在家里，老阎婆告到县衙，宋江在县衙人缘最好，知县说：“胡说！宋江是个君子诚实的人，如何肯造次杀人？”把这罪状安到了卖梨的小孩唐牛儿身上。后老阎婆要上州告状，知县才派都头朱仝、雷横到宋江家中来捉拿，两人都不肯捉拿宋江。雷横进庄转了一圈，出来说没有；朱仝却知道宋江藏在佛堂内地窖里，进来对宋江说：“知县和大家都有心周全哥哥，只是那婆子不肯放过，兄长可速走。”小说这一段的回目就叫做“朱仝义释宋公明”。
司法黑暗，是封建时代的普遍现象，并非《水浒传》中仅有。古时官员“三年清知府，十年雪花银”，主要手段就是“吃了原告吃被告，吃了被告吃囚犯”；“衙门口朝南开，有理无钱莫进来”，中国老百姓传统的观念就是屈死也不打官司，“床上没有病人，牢里没有犯人”，就是幸福。清代文学家方苞写过一篇《狱中杂记》，极言在刑部大牢所见、所闻黑幕：
——司法衙门里郎官，以及典狱官、禁卒，都因为人关得越多好处越多，所以只要沾上一点边就千方百计抓进大牢。进了监狱，不问有罪没罪，先给戴上手铐脚镣，放进老监房，使吃尽苦头，再教他们怎样取保，按各人家庭、财产状况，敲诈钱财，官吏派分。中等以上人家，都尽其所有出钱取保；其次求解下手铐脚镣，搬到老监房外的板屋去住，也须费几十两银子；那些贫穷无依的，就戴着手铐脚镣，住在老监房里。
——刑部大牢共有4座老监房，人满为患，每座监房有4室，关着200多名犯人。无窗通气，天未黑就上锁，吃饭和大小便都在室内。每天总有3、4个死人从门洞里拖出去，多时一天死十几个，晚上活人就和死人头靠头、脚对脚睡在一起。
——被判死刑执行时，行刑人员便先等在门外，一人进去索讨财物，叫做“斯罗”。对有钱的犯人，找其亲属讲价；对没钱的犯人，便当面直接讲价。如果被判剐刑，便说：“答应我，便先刺心；不然四肢解完，心还没死。”如果被判绞刑，便说：“答应我，第一绞便包断气；不然绞你三次，还须加用别的刑具才能死。”被判杀头无东西可要，但仍可以扣留脑袋，因此富者贿数十百金，贫者亦变卖衣物，换回死犯脑袋。
——担任捆绑的也索取贿赂，如果不答应他们的条件，缚时先折断筯骨，需几月才愈，有的成为终身残疾。担任上刑具和拷打的也如此。与方苞同时入狱受审的3人，一人给了30两银子，骨微伤，病月余，另一人给了60两银子，伤皮肤，两旬愈；第三人给了二百两银子，当晚便行走如常。
——刑部的胥吏，都有假印，常篡改判词。有某姓兄弟因把持公仓入狱，被判“立决”，某部员对其说：“给我千金，保你们活。”问有什么办法，某说：“只消另具奏本，判词不改，将案末单身无亲属两人换上你们的名字，等封奏时换上此奏。”其同事说：“假使被长官发现，我们都没活路了。”部员某说：“如果被发现，我们固然没活路，但长官也以失察见罪，他不会为两条人命把自己的官丢掉的。”事情后来果真被主审官发现，但终于未敢追究责任。
——凡杀人案件而没有“谋杀”、“故意杀人”等判词的，经过秋审，列入“矜疑”，便可以免死，司法人员就可从中做手脚。有个郭老四，曾四次犯杀人案，最后一次仍以“矜疑”减刑，不久碰上大赦。出狱以前，通宵置酒酣歌。有些罪犯在狱中久了，和胥吏、禁卒沆瀣一气，居然也能坐地分赃。有个犯人，每年都赚几百两银子，后大赦出狱，几个月后又冒名顶替进了监狱。后又遇赦例减充军，叹气曰：“我不能再进这儿了！”
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