一九六六年文化大革命爆发，周孜仁积极参加这一所谓伟大的革命运动，并带头造反。
一九六六年八月三日，重庆大学校长兼党委书记郑思群自杀后，周孜仁串连其他学生，写出了【就郑思群自杀事件给西南局，李政委的一封信】，公开把斗争矛头指向工作组，随即引来众多质问工作组的大字报。
八月十二日，周孜仁与杨礼仁、吴庆举等同学署名贴出【致全市大专院校师生的一封公开信】，反对市委及工作组，得到全校数千人签名响应，被称为“轰动山城第一炮”的“重庆市第一张马列主义大字报”。
一九六六年八月十五日，重庆大学等学校学生四千多人到重庆师专声援该校造反派，与该校其他师生发生矛盾。造反派学生派代表到市委要求给予支持，周孜仁是代表之一。重庆市委书记处书记辛易之受指派到场接见学生，处理问题，因其未表态承认学生造反是“革命行动”，引起造反派学生不满，双方互相指责、辩论，坚持到深夜才返校。
第二天，以周孜仁为首的重大学生将批判重庆市委领导的千余张大字报贴在市委大门內外，并要求上京告状。这就是“八、一五事件”。事后，重庆地区的学生、干部、群众发生分裂，认为“八、一五事件”是“革命行动”的学生、群众，被统称八、一五派。
八月二十六日，重庆大学学生造反派组织八一五战斗团成立，这是重庆市以及四川省著名的造反派组织，并一度左右了重庆市的文化大革命运动。周孜仁积极参与了这个造反组织的许多重要活动，并担人了【八一五战报】的主编，成了重庆八一五派的笔杆子。
一九六七年一月二十四日，重庆大学八一五战斗团等五十多个群众组织，在驻军的支持下，成立重庆市革联会，宣布夺了重庆市委、市人委的一切权力。
二月一日，重庆工人造反军、西师八三一等五十多个群众组织联名向中央发出急电，称“一、二四夺权”是假夺权，宣布退出革联会。由此，重庆造反派因夺权问题分裂为两大派组织，反对革联会的统称为反到底派。
二月八日，重庆市革联会正式成立。二月下旬开始，反革联会的一派的一些组织相继被驻军、革联会宣布为反革命组织，勒令解散。大批群众被逮捕或拘留。
从四月中旬开始，重庆市按照中央的“四、一批示”，开始了一系列的平反工作，被关押的人被释放平反，被取缔的组织重新恢复活动。反到底派重新聚集力量，为了争夺重庆市的各级权力，跟八一五派进行了一场生死搏斗。
从六月份开始，两派之间进行了一系列武斗，其规模之大，程度之惨烈，全国罕见。这场武斗一直打到一九六八年才慢慢停息。
一九六八年二月底，中央着手解决四川及重庆的问题，在北京举办毛泽东思想学习班四川班，会议对周孜 仁在【八一五战报】发表的【大局已定，八一五必胜】今行了批判。连毛主席对此也极为反感，说【大局已定，八一五必胜】叫反到底批得一塌糊涂。周孜仁本派的人也骂他，说他不该写这样的文章。
一九六八年底，重庆两大派解散组织，武斗基本结束，工人宣传队进驻重庆大学，举办“说清楚问题学习班。周孜仁进学习班接受审查，交代问题，后他被分配到云南工作。
一九六九年底，周孜仁被调到昆明军区谭甫仁政委办公室任秘书。谭甫仁被刺后，他转云南省委办公厅任秘书。
一九七四年，周孜仁因渋歉叁与“中共【马列】特别行动委员会”，下农村隔离审查，后又转送云南汽车厂监督劳动。
一九七九年，落实知识分子政策，周孜仁被调技术部门工作，后调昆明自六水公司任技术科长、高级工程师、云南远程教育培训中心主任。
