1937年11月12日，日军攻陷上海。国民政府迁入重庆，中央研究院也随之迁往内地。年近古稀的中央研究院院长蔡元培体弱多病，一直在病养之中，考虑到香港不仅地域安全，而且休养和医疗都有保障，便在11月27日由丁西林、周仁陪同离开上海前往香港。流寓香港本是权宜之计，没曾想战火越烧越旺，华夏大地已无一块安宁之所，这一住就是两年多，而香港也成为他生命之旅的最后驿站。
寓居香港养病
上海沦陷后，中央研究院设在上海的物理、化学、工程研究所不得不停办。傅斯年发来电报，告诉蔡元培国民政府已令中央研究院于11月17日迁往长沙。11月27日，午饭后，蔡元培由丁西林、周仁等陪同来到黄浦码头，乘法国邮船马利替未斯号，前往香港。29日晚7时到达香港，暂住陆海通旅社。次日，又迁至皇后大道中胜斯酒店（St.Francist Hotel）；下午4时，老友王云五得讯后前来相晤。12月9日，夫人周养浩和子女睟盎、怀新、英多来到香港，一家又迁至坚尼地台十二号楼下，这里是原在上海任日本研究社社长、《申报》主笔陈斌和的住宅。
在香港要找一处合适的家居，实在不是一件容易的事，所以，初至香港，蔡元培居无定所，一直在搬迁中。王云五等奔走为他寻找合适的寓所，终在九龙觅得一合适的租屋。1938年1月28日，蔡元培致函王云五表示感谢，信中说：“前日承导观跑马地新屋，各方面关系，都承顾到，且随时可以请教，曷胜感荷。唯九龙沃斯丁路之屋，较为宽展；且前住者，略受津贴，已提前腾出，弟等遂定于二十九日午后迁入矣。跑马地之屋，只可割爱，应如何向房东退租，或为他友介绍，敬请酌行。……弟等之新居为九龙沃斯丁（但或作柯斯甸，皆Austin之译音）路底一五六号中之第二号。”
这里适宜他一家居住，有客厅、厨房、餐厅和浴室，卧房两间，月租一百二十元。此时的他病后尚未复元，身体虚弱，故遵从医嘱，深居简出，谢绝应酬。又因初到香港，人地生疏且环境复杂，改姓名为周子余。
说是养病，可蔡元培怎么也放不下中央研究院的工作，来自中研院的信函电报从未间断。中研院的创立凝聚了他的心血，寄托了他教育救国、科学救国的梦想。1927年4月，蔡元培筹备中央研究院，次年6月9日，中央研究院正式成立。蔡元培是首任院长。中研院在不长的时间内相继成立了天文、气象、历史语言、社会科学、物理、化学、工程、地质、心理、动植物等十个研究所和中央研究院总办事处。
唯才是举是他笃行坚持的方针，正因为如此，中研院云集了一批蜚声海内外的著名学者，如姜立夫、李四光、竺可桢、余青松、丁西林、柳大纲、斯行健、赵金科、傅斯年、陶孟和等，他们为推进中国的科学事业作出了杰出贡献。如李四光的《中国地质学》、竺可桢的《南京之气候》，都引起了国际学术界的瞩目。现在虽远在香港，可他仍然为中研院的工作运筹谋划。1938年2月28日，他在香港酒店主持中央研究院院务会议，总干事朱家骅及十位所长都出席了会议。这次会议通过了七项议案：
“（一）地质、动植物、心理、社会科学四所，既在桂林、阳朔开始工作，不必再徙昆明。（二）气象所准在重庆。（三）历史语言所在昆明。（四）理、化、工三所之仪器、书籍、杂志、机器等，迁移较易及适于在内地工作者，迁昆明；其不能迁者，在上海保存。（五）自一月份起，如政府未能照发经费，则留所职员薪水，照长沙会议所定标准垫发；政府如发经费，则逐月按成补发。”
中研院总干事是个十分具体而重要的职务，由于匆匆内迁，带来了全局性工作的困难。这一职务虽是朱家骅担任，可他因国民党内事务太多，执意要辞去总干事。蔡元培表示，朱家骅无需辞职，内地的中研院职务可由傅斯年代理。可傅斯年也因事务性工作而一再推辞。这可让他着急了，内地的院务已无人主持，他为此与朱家骅、傅斯年、王世杰、任鸿隽等往返函电反复磋商。9月9日，在复朱家骅的信中说：
“先生任中央秘书长，本已繁忙，近又兼带青年团书记长，公务丛集，可想而知。加以党团迁址之计划，非渝而湘，对于研究院遥领之务，自然益感不便。而先生所最信任之孟真（即傅斯年，作者注）兄，偏于此时坚决的不肯继续代行。先生有摆脱研究院之表示，弟不敢怪先生。唯弟从未向此方面有所准备，请宽以一个月之期。弟何时等得较妥之办法，即当奉闻，以慰悬系。”
朱、傅二人都坚辞中研院总干事职，并向蔡元培推荐了吴有训、丁西林和任鸿隽。三人之中吴、丁二位少行政经历，如竺可桢所说，他们“素與政府无往来，将来取款不无困难耳”。所谓“取款”乃财政予中研院的经费，此事在物色人选时不得不考虑。如此似乎任鸿隽稍为合适，但又有人以任不是中研院评议员，且其夫人又和四川人不和睦，另提让王世杰担任总干事。这当然是最好不过的。于是，10月7日蔡元培在致函王世杰时说：“经弟与诸同事再三商榷，合以为总干事之职，以先生为最相宜。”
当时王世杰正担任国民政府军委会参事室主任，常常奔走于四川和湖北之间，倘任总干事一职，徒为挂名，所以，王世杰给他来电一再婉谢，电文中说：“杰因任有军委会参事室职务，举动既受拘束，亦不能自由接受他职。”这令蔡元培很是怅惘，可有一点又使他感到高兴，王世杰虽然婉拒总干事一职，但是他爽快地答应中研院与政府之间的所有事务，只要可能，“均可代办”，这又使他“不胜铭感”。就是这样反复磋商协调，最后由蔡元培提议，在征得中研院六位所长的赞同后，于11月终于确定由任鸿隽任总干事。
来香港后蔡元培身体一直虚弱，这在他的日记和函电中多有记述，如“我忽患晕眩，邀朱惠康医生来诊，验得血压太低，是脑贫血症”，“脑所以贫血，是因胃不消化，滞血”。因“病后体弱，不适于奔走，北不能至渝，南不能到桂滇”，1939年3月，中研院评议会第四次会议在昆明召开时，他原定参加会议，可因身体的原因，医生又一再劝阻，昆明之行只得作罢，为此，他特撰一篇讲话，让评议员翁文灏代为宣读。
唯一公开活动
1938年元宵节前夜，蔡元培和夫人及孩子们外出散步，见明月高悬，海静风平，港市繁闹，遥想战乱中的内地，心境尤为凄然，回家后，思绪纷乱，为之作诗：“几多碧血膏原野，唯有哓音诉雨风。等是有家归不得，东西那复计飞鸿。”5月20日，保卫中国大同盟及香港国防医药筹赈会，在香港圣约翰大礼堂举办美术展览会，蔡元培应邀出席，这是他来港后的第一次、也是仅有的一次公开活动。他发表了热情洋溢、鼓舞人心的演讲：
“抗战时期所最需要的，是人人有宁静的头脑，又有强毅的意志。‘羽扇纶巾‘轻裘缓带‘胜亦不骄，败亦不馁，是何等宁静！‘衽金革，死而不厌‘鞠躬尽瘁，死而后已，是何等强毅！这种宁静而强毅的精神，不但前方冲锋陷阵的将士，不可不有；就是后方供给军需、救护伤兵、拯济难民及其他从事于不能停顿之学术或事业者，亦不可不有。有了这种精神，始能免于疏忽、错乱、散漫等过失，始在全民抗战中担得起一份任务。”
他认为，养成这种宁静而强毅的精神，当然要有相关单位予以训练，而“推广美育，也是养成这种精神之一法”。他说，美感有优雅和崇高两种。“优雅之美，从容恬淡，超利害之计较，泯人我的界限。” “崇高之美，又可分为伟大与坚强之二类。” “小己的缥缈”“人力的脆薄” “一经美感的诱导，不知不觉，神游于对象之中，于是乎对象的伟大就是我的伟大，对象的坚强就是我的坚强。在这种的心境上锻炼惯了，还有什么世间的威武，可以胁迫他么？”
他又说：“且全民抗战之期，最要紧的，就是能互相爱护，互相扶助。而此等行为，全以同情为基本。同情的扩大与持久，可以美感上‘感情移入的作用助成之。例如画山水于壁上，可以卧游；观悲剧而感动，不觉游涕，这是感情移入的状况。儒家有设身处地之恕道，佛氏有现身说法之方便，这是同情的极轨。于美术上有感情移入的经过，于伦理上自然增进同情的能力。”他的用意十分明确，就是用“感情移入”的方法，唤起港澳乃至全球华人对中国艰苦抗战的声援和支持。
1938年1月23日，国际反侵略运动大会中国分会在汉口成立，会议通过章程、宣言和告世界人民书。蔡元培和宋庆龄、陶行知、吴玉章等十九人被推选为分会代表，出席在伦敦召开的国际反侵略运动大会，蔡元培由于身体原因而未能出席。在全民抗战的热潮之中，因养病且在香港的他，只能利用自己的影响力，呼唤海外侨胞对抗战的支持，呼唤国际社会的同情和支持。9月23日，以他为首的中国文化界致电国际联盟大会主席，期待国际社会主持公道和正义，谴责和遏制日本帝国主义的暴虐罪行，电文说：
“暴日对华侵略，撕毁国际盟约，无异对全人类挑衅。我忍无可忍，于年前发动抗战，以救中国，同时亦为救世界。贵会为保障世界和平与人道正义之最高机构，希即依据盟约第十七条，对暴日实施最大限度之制裁。此为我国最后之请求，亦为贵会最后之试验。我国有五千年历史，四万五千万人民，一向深以得为贵会之会员国为荣，故拥护贵会，不遗余力。当此侵略狂焰蔓延全国之际，我国决为民族独立与世界和平奋斗到底，谅贵会当能切实执行有效的制裁，不致以忠实勇敢的会员国如我中华民国之痛苦与失望为无足轻重也。”
1939年7月，他被国际反侵略运动大会中国分会推举为名誉主席。11月29日，中国分会致函，希望他为中国分会会歌作词。他欣然命笔，作了一首洋溢爱国热情、充满必胜信念的歌词：“公理昭彰，战胜强权在今日。概不问，领土大小，军容赢绌。文化同肩维护任，武装合组抵抗术。把野心军阀尽排除，齐努力。我中华，泱泱国。爱和平，御强敌。两年来博得同情洋溢。独立宁辞经百战，众擎无愧参全责。与友邦共奏凯旋歌，显战绩。”
日军铁蹄蹂躏下的华北已经放不下一张书桌，中国著名的高等学府北京大学、清华大学和南开大学只得迁至湖南长沙，组成长沙临时大学。1938年4月，又西迁昆明，改称国立西南联合大學。12月17日，在云南的北京大学同学会给老校长拍来电报：“于本校四十周年纪念日，向师座虔致敬意，敬祝健康。”他心情特别高兴，特为北京大学四十周年纪念题词：
“北京大学，自成立以来，经四十年，其间除民元前十二年，遭义和团之变，稍有停顿外，逐年进展，成绩可观。民国八年左右，被公认为新文化运动之领袖。又如建设研究所，组织评议会，兼收女学生，编练学生军等，无不由北大为之倡。过去四十年光阴，不为虚度。故近几年来，北京沦于敌手，全校南迁，虽设备或有未周，而精神益为兴奋。孟子所谓‘动心忍性，增益其所不能者，今日之北大，是以当之。他日河山还我，重返故乡，再接再厉，一定有特殊之进步。敬以是为祝。”
国共两党尊崇的人
蔡元培来香港的两年多时间里，深居简出，工作上除了中研院的事情来往函电交驰外，其他事务尽量简化，空下的时间自然多了。他对这段生活比较满意，给时在昆明的儿子无忌写信时说：
“我自来香港以后，绝对不应酬，不轻易见客，有许多熟人同在此地而不与通闻问，并不见怪。我于是有暇读书，有暇著书，为十年来所未有。若一到内地，因研究院各所受省府助力，岂能不与往来；各所教育文化机关研究员、教员、学生，人数既多，安能见谅；仅仅晤谈，已感忙烦；其他演说、函电之要求，亦所难免；我之生活，又将回到南京、上海的样子。”
正是为了避免“忙烦”，病中的蔡元培尽量减少俗事烦扰，尽量减少会见客人。在香港的岁月里，他也就仅仅会见了吴玉章、肖子升和刘海粟等人。
1938年4月23日，吴玉章由欧洲回国途经香港，特意前来拜访。两人再叙抗日民族统一战线。他为国共合作、共赴国难而欢欣鼓舞。他对吴玉章说：“国共能重新合作，共赴国难，为国家民族之大幸。”次年8月，他在病榻上阅读了斯诺的《西行漫记》和其夫人韦尔斯的《续西行漫记》。他读得很认真，在日记中记下每一章的标题，并特意着重记下：“其第三章中有‘共产党的基本政策‘论对日战争等节，述毛泽东的意见，颇详。”
又读《续西行漫记》，日记中记述也颇详细：“书于红军人物，叙述最详；诸要人均有自传分叙于各章，而最后附录记八十六人略历，分政治领袖、军事领袖、开除党籍者三类，已有自传者亦列其中，但较略耳。……第五章之等到他醒来的时候，对于中国前途的希望，说的甚为恳切。”这两本是他最早读到的关于中共领导的陕北边区的书籍，由中可见他对全民抗战充满必胜的信念。
肖子升，又名肖瑜，湖南湘乡人。当年在湖南一师读书时，和毛泽东、蔡和森为好友，被称为“湘江三友”，同为恩师杨昌济看重。杨昌济称他们为未来中国的有用人才，并向学界广为推介，自然也包括他此时任教的北京大学。后来，肖子升和毛泽东为组织湖南学生的勤工俭学来到北京，肖子升多次拜访中国勤工俭学的组织者之一蔡元培，蔡元培对这位与自己一样恪守教育救国理念的青年人颇有好感，他们由此建立了亲密的关系。
居港期间，由欧洲归来的肖子升多次拜访蔡元培。1938年1月19日，蔡元培日记云：“午后，肖瑜（子升）来。子升于最近四年专在Poitier（巴提尔）大学研究哲学，因该大学为培根与笛卡尔两大哲学家修学之所。四年内尤用力于Guyau（居友）之学说，其博士论文已付印。”居约（蔡译居友），法国哲学家、美学家与伦理学家。哲学上持实证主义观点，认为艺术与道德是生活的最高表现。美学上反对游戏说，主张快乐说，并认为创造艺术的人应远离现实生活，以便创造促进和谐的审美情感。伦理学上批判功利主义，认为道德既需要有义务观念，也不需要制裁。这非常契合他的教育救国、伦理救国、美育代替宗教的理念，也成为他和肖子升常常讨论的话题。
肖子升把自己的《居友（约）学说评论》送与他，他愉快地为之作了一长序，其中云：“余在二十年前，发表过‘以美育代宗教一种主张，本欲专著一书，证成此议，所预拟条目有五：（一）推寻宗教所自出的神话；（二）论宗教全盛时期，包办智育、德育与美育；（三）论哲学、科学发展以后，宗教对于智育、德育两方面逐渐减缩以至于全无势力，而其所把持、所利用的，唯有美育；（四）论附宗教的美育，渐受哲学、科学的影响而演进为独立的美育；（五）论独立的美育，宜取宗教而代之。此五条目，时往来于余心，而人事牵制，历二十年之久而尚未成书，真是憾事。”
教育救国，美育代替宗教，是他孜孜以求的信念，在北大，在大学院，在中央研究院，他都是恪守这一信念，从来没有改变。到了香港后，少了事务纠缠，可终找不到与自己共有同一信念的知音，就这一话题切磋。肖子升来港后能常和他讨论学问，这令他十分高兴，他回忆说：“肖君子升，自少即有怀疑宗教、好美术之根性，闻余说而好之，曾自长沙至北平，与余上下其议论，真所谓‘同声相应，同气相求的了。”
1939年12月3日，刘海粟往印尼、新加坡举办抗日义赈画展，顺途香港，食宿安顿后，独自一人悄然来到九龙拜访蔡元培。蔡元培对他有知遇举荐之恩。当年刘海粟因上海美专画裸体模特事件，受到军阀孙传芳的迫害，蔡元培知道后，极力声援营救。他对这位开启崭新画风的青年艺术家尤为呵护，不仅举荐刘海粟去欧洲举办画展，也是他最早向中国艺术界介绍刘海粟，使刘海粟的画风得到承认，并由此蜚声画坛。
在国难当头的日子里，能在香港与故人相逢，令他特别高兴。他在会客厅笑问刘海粟：“什么时候来的，也不打个电话？”向来寡言少语的他，话也多了，聊着聊着，不时地离开座位，在屋里踱步。刘海粟发现蔡元培明显衰老，额顶白发稀疏，眼角皱纹和分布在鼻窦两侧的老人斑也益发多了起来，嗓音沙哑，步态龙钟。
刘海粟与蔡元培已有二十多年的交往，对他的平民化的作风尤为熟悉和敬佩。蔡元培任教育总长，不领工资，只尽义务。一生没有买过一间房、一亩地。来到香港后，物價飞涨，中央研究院的那点薪水，难以维持全家开销。王云五只得从商务印书馆带来一些文史哲著作，请他审稿，以从中得些审稿费，聊补生活所需。想到这里，刘海粟不禁问道：“先生不打算去重庆吗？” “杨杏佛不是死在那些人手中么？我不会去的。”他指的是六年前中国民权保障同盟总干事杨杏佛被暗杀一事，说及此事，他语气明显强硬了起来。
晚上刘海粟受到热情款待，刘海粟不饮酒，看着蔡元培自斟自饮，便说道：“先生胃病没有好，还是饭前三杯酒的习惯吗？”他意在劝说先生戒酒，并说：“希望先生健康，中国很需要您这样的老前辈。”蔡元培却道：“你的好心，我谢谢。现在大片国土沦丧，人民流离失所，当权者对救国大业是包而不办，我老了……”酒后，他的话明显多了起来，由日常琐事谈到国家大事，而感叹最多的是抗日救国。
刘海粟拿出所作《滚马图》，请蔡元培题字，老人仔细地欣赏着，连连称赞，并研墨挥毫，郑重地题写了“清新俊逸”四个大字。“清新庾开府，俊逸鲍参军。”他借杜甫的诗，希望刘海粟在艺术上像南北朝诗人庾信和鲍照那样，清新俊逸，卓异不凡。
1940年3月3日早晨，蔡元培在寓所失足倒地，口吐鲜血。虽经名医诊治，终因年高体弱，救治无效，于3月5日9时45分溘然长逝。蔡元培是辛亥革命元勋、国民党元老，为公众服务数十年，可身后却极为萧条。医药费尚欠一千多元，衣衾棺木的费用，都是老友王云五代筹的。
当日，蒋介石发来唁电。隔日，毛泽东从延安给蔡元培家属发来唁电：“孑民先生，学界泰斗，人世楷模，遽归道山，震悼曷极，谨电驰唁，尚祈节哀。”国民党高层人物中，能得国共两党共同尊崇的人物，除孙中山外，也唯有蔡元培了。
3月10日，香港举行蔡元培灵柩安葬仪式，全香港各学校各商店均悬半旗致哀。下午2时，由北大旅港同学组成的护灵队的灵车，缓缓驶出殡仪馆。为灵车执绋者五千余人，行列整齐肃穆。灵车驶入南华体育场，在这里参加公祭的香港各界代表万余人，整队肃立，静默三分钟，向蔡元培致哀。下午3时，灵车到达东华义庄，安葬于香港仔华人公墓。
在此之后，全国各大城市均举行追悼大会。4月14日，延安各界在中央大礼堂举行追悼大会，并给国民政府主席林森发去电文，要求给蔡元培以国葬。电文说：“咸以为蔡元培先生民国元勋，人文泰斗，允宜褒以国葬之荣，以示笃念勋劳之意。大会一致议决，特请政府明令国葬蔡元培先生。”
（责任编辑：顾鸿）
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