广州六榕寺早在南朝宋代已建有佛殿，称广州宝庄严寺。王勃《广州宝庄严寺舍利塔碑》记道：『此寺乃曩在宋朝早延题目，法师聿提神足、愿启规模，爰于殿前更须弥之塔』。
梁大同三年（五三七年），内道场沙门昙裕法师奉命出使返至广州，因病淹留宝庄严寺，修书表示『愿居此刹』，得到诏许并筑舍利塔， 塔下瘗藏自海外求得之佛舍利。 王勃《碑记》写道： 『夫宝庄严寺舍利塔者，梁大同三年、 内道场沙门昙裕法师所立也…… 仍分舍利、俾宏真福』。
公元九七一年， 南海王刘龚称帝，国号大越，都广州，次年改国号汉（史称南汉、越汉），年号乾亨，升广州为兴王府。 南汉历代君主虔信佛教，宝庄严寺易名长寿寺， 作刘氏宗室女修道之所，塔仍称舍利塔，每于上元、 中秋佳节登塔燃烛悬灯（号曰『赛月灯』）以兆丰年。
南汉（九一七——九七一年）灭亡时，长寿寺『寺塔均毁、胜迹荡然』。 宋端拱（九八八——九八九年）初，修葺寺院，铸造禅宗六祖惠能铜像，端拱二年重修工竣，称净慧禅寺，此时宝塔仍在湮没中。
宋元佑元年（一零八六年）， 本寺住持德超和尚与驻锡于此弘法之名僧道琮一起，和南海郡人、 前任凤翔郡宝鸡县主簿林修， 以及信士王衢等众檀越，共议重建宝塔，绍圣四年（一零九七年）六月三日，新塔落成， 塔壁佛龛供奉贤劫千佛及旃檀五百应真， 自此称千佛塔。
宋元符三年（一一零零年）， 苏轼来净慧寺留题墨宝『六榕』两大字，后寺僧榜诸山门，世间遂有『六榕寺』之称谓，但那时是『俗称而已、非寺名也』。 清光绪元年（一八七五年）， 继咸同年间修建殿宇之后，重修千佛塔亦告竣工。 此时撰《重修六榕寺佛塔记》，净慧寺始正式易名为六榕寺。
清初，『环寺驻防』之清兵目睹千佛塔色彩斑斓， 以其习俗称谓呼之曰『花塔』，是时亦称净慧寺曰『花塔庙』。 民国重修时，『为通俗计』，在公函、募捐告示和《碑记》中悉称『花塔』， 于是成为正式命名沿用至今。
一九八三年， 六榕寺被国务院定为全国汉族地区重点寺院之一。 六榕寺是岭南佛教寺院释儒双辉形式比较典型的一座寺院， 其塔、 殿、 堂、 楼、 阁、廊、舍等处处有联，联联精妙，禅心禅境， 禅机禅悟， 跃然纸上，为飨读者，特录同赏之。
一、旧 联
佛 殿
佛日增辉，般若灯悬金界净；法轮常转，优昙花並玉毫光。
四大皆空，为钝根人还留色相；
三千无隐，最上乘语何用皮毛。
色相圆通，万善同登般若；
灵机觉悟，三乘共证菩提。
放大智光明，能照十方世界；
体慈悲清静，永延万古长春。
贝叶风幡传妙谛；
昙花日照现祥光。
数声佛号无尘地；
几句楞严极乐天。
慈云遍覆三千界；
法雨均霑万亿州。
春风吹宝殿；
花雨散经台。
佛日明金界；
香云绕宝幢。
宝纲垂金界；
天花散玉阶。
山 门
祖道播南天，一苇留踪自是千秋福地；浮屠擎北郭，六榕余阴居然万古禅宗。
景运方开，柳媚花明，万物静观皆自得；
洪钧初转，风和日暖，四时佳兴与人同。
春色逐人来，进步时红尘路隔禅关静；
花香传腊去，着眼处无尽门开法界宽。
玉历新颁，淑气光凝梵刹；
慈云竟缭，春光遍覆山门。
晓日照禅林，瑞气氤氲随客至；
祥云笼梵刹，花香缭绕逐春来。
（后四副为山门春联）
金刚殿
为翰为屏，作山林之柱石；护民护国，宰天地之权衡。
万德圆彰，共仰能仁圣德；
一门深入，同归不二法门。
威尊紫极，尚卫檀林而卫世；
量等鸿濛，仍滋圣泽以滋薰。
伽蓝殿
宏愿不辞前日护；威灵须仗此时权。
护法门之愿靡既；
卫正教而力有余。
檀越堂
自古积金输积善；从今留寺便留芳。
宝地金砂留福业；
香云花雨答檀林。
花飞净界香成雨；
金佈只园福有田。
满林花雨濡香阜；
一炷旃檀报福田。
禅 堂
面壁九年，这功夫肯让他人做去；渡江一苇，此伎俩仍须自己撑持。
若非血气丈夫，真下翻身犹错；
是个英灵衲子，此中着脚还迟。
卸却臭鹘衫，方堪狞拳辣棒；
尚饗空王俸，未许高枕横眠。
生死功夫，一刻不容少懈；
晨昏参究，四时打省精神。
进步来，面面银山铁壁；
转身去，头头露柱灯笼。
决意精修，堪同此会；
无心上进，勿入斯门。
祖 堂
法身示显梁唐宋；金界宏开宗律禅。
已随香界罗真诀；
更把金针付后人。
规模有分推前哲；
棒喝无端启后贤。
钵起云收龙魅仗；
锡摇风定虎魔钦。
睡佛楼
睡非睡禅心寂静；佛即佛自性常明。
斋 堂
一粒无私，入口慢吞须念过；六时有限，留心勤究莫偷闲。
玉粒满盂，惟君开怀处置；
清斋盈钵，愿子忖度安排。
菜根咬断余香味；
云板鸣来见准绳。
调和中鹹酸不少；
咀嚼处渣滓全消。
佐食已无尘世味；
授餐惟有菜根香。
漫议香从臭里出；
须知甘向苦中来。
一盂白饭千家血；
半箸黄齑百姓膏。
五百龙天一席；
三千云水同堂。
个里时光易逝；
等閒日食难消。
彼此有是；
人我无非。
香积厨
老作家，始可转生成熟；好手段，方能淘米去砂。
二时无乏，而滋人同鬼；
六味常盈，以供佛及僧。
统云厨，之为纲纪；
司水火，而乃权衡。
水火鸿庥烈；
馨香德泽长。
六味常丰备；
五行在纪纲。
永作云厨主；
远承香积朝。
野菜连根煮；
生柴带叶烧。
客 堂
礼数生疏，争怪逢迎不惯；胸怀旷达，何妨谈笑率真。
已留玉带光青嶂；
准备场留食白驹。
鸟啼花发皆春意；
客到僧来总道机。
渊明定许联莲社；
居易何须讶鹊巢。
春随佳客携云至；
鸟爱高谈倚树听。
云影每从风信入；
香薰时共履声来。
定中花雨散；
空际月轮高。
清言多法味；
野趣足生涯。
青原参大鉴；
黄檗唤裴休。
金山留玉带；
鹫岭启鲜花。
库 房
祖父田园，因果正宜明出入；伽蓝竹木，毫厘须要辩公私。
杨歧灯盏明千古；
宝寿生薑辣万年。
行云流水处事；
光天化日权衡。
关心忖度；
留意商量。
雪 堂
林静鸟初鸣，几簇祥云笼梵刹；地幽尘不到，一轮明月印禅心。
礼佛转身，忽见春风环古寺；
谈禅纵目，具看花雨散幽林。
法云回荫名花塔；
慈照长辉贝叶经。
二、今 联
大雄宝殿
登大雄殿，瞻仰慈容，性地清凉尘垢净；入法宝林，亲闻妙谛，寸心热情菩提生。
观音殿
大地湧慈云，祍席群生蒙利乐；南天施法雨，普滋万有悟菩提。
观音殿柱联：
观化人间，施无畏，度一切苦厄；
音传天下，普现身，证二谛圆通。
六祖堂
檐柱联：於未来世，闻说是法；
应无所住，而生其心。
六祖堂联：
祖像铸千年，衍派传宗，明镜非台留法偈；
壇经度億兆，明心见性，菩提无树证禅机。
六祖堂后石柱联：
放大智光明，能照十方世界；
体慈悲清静，永延万古长春。
客 堂
《观音画像》题联：五十三参，普门善入；
百城烟水，彼岸同登。
《虚云和尚画像》题联：
虚明师德传千古；
云净天清现一岩。
功德堂
堂门联：功遂因成，皈向佛门真自在；
德全果满，长依净土永逍遥。
堂内柱联：
功在诚心，一句弥陀开觉路；
德修净意，四时花果供灵堂。
斋 堂
斋堂二楼壁联：菩提根布三千界；
佛日光生十二时。
山 门
山门联：（旧联）一塔有碑留博士；
六榕无树记东坡。
弥勒佛殿
殿联：（古联）大腹能容，容天下难容之事；
张口而笑，笑世间可笑之人。
藏经阁联：
塔湧慈云，龙华曾献绯桃瑞；灯传宝典，马迹新驮贝叶香。
迎宾厅联：
塔王影文榕苏阴墨，一 ，双色辉空祥谷光回湧音现。 ；
方丈室
《达摩祖师》图两侧联：多闻有智慧；
长寿度众生。
三、散逸旧联
两轮日月随他转；一片身心任我闲。
素怀静对梅花月；
清韻闲翻贝叶经。
风扶磬韵清归耳；
月照禅窗白透心。
常存清静心中佛；
惯乐幽闲世外春。
襟怀静契无生诀；
岁月闲游不老天。
常住色中色是色；
永离尘界尘非尘。
般若既捐身愈稳；
葛藤虽荫鼻难穿。
红雨一帘花外月；
绿阴半岭竹间琴。
目顾四方空一贯；
气吞八极透多罗。
生死轮回何日了；
本来面目应时参。
与影有情惟日月；
遇红无礼是泥尘。
立志不随流俗转；
留心学到古人难。
