明清以来，三教会通渐成趋势，这与阳明学与朱子学的叠相兴起与修正、佛教的衰败与复兴，以及中西文化的接触与碰撞关系重大。马一浮身处中西方文化剧烈碰撞和国族危亡的现代，既受明清思想史这种趋势的影响，精研佛道经典，与佛教人士来往密切，同时又饱读西方学术著作。在艰难困苦的现实人生和命途多舛的国运世事中，在不断接受中西方文化的剧烈冲击下，他摒除狭隘的道统观念，主动选择和皈依了儒家“六艺”和中国传统的道学，展示出有得于心的文化上的执着与自信。无疑，马一浮是一个典型的“接着讲”而非闭目塞听的思想家，他以西方学术思想作为潜在的对话者，以佛道二氏的观点来解释发挥儒家义理，从而使呈现出以儒家为主，会通三教也包容西方的风貌。
马一浮以程朱理学对理气的阐释为起点构筑本体论，从理气不离不杂，讲对理和气的认识过程，最后回归到理在人身的显示和认知的问题，自然引出以“复性”为目的的工夫论，就是要靠对欲识的辨识、对法执的蠲除以及对习气的祛除，使理显现于人，全气是理，然后可以复性。
一、理气的分合
牟宗三等在《为中国文化敬告世界人士宣言》中宣称：“心性之学，正为中国学术思想之核心，亦是中国思想中之所以有天人合德之说之真正理由所在。”心性之学必以理气关系为基础，才能有效理解天人合德的关系。马一浮的本体论即以此为起点，最终导向工夫论。马一浮对于理气关系的看法，在很大程度上秉承了宋明理学尤其是伊川和朱子的基本观念。对于他来说，重要的不是新造理论体系，而在于能否在实践中证成。他认为，理、气都是普遍永恒的存在，无终无始，无先无后：“理则无终始先后，气亦本无终始，但可顺俗说，以聚散为终始。”（一，P639）作为宇宙构成的要素，理、气始终是一体的，但从不同的角度相对来说可分为理、气、三才、道、器、太极、阴阳、八卦诸名。
器者，万物聚散之目。道者，此理流行之称。道无定体而器有成形，二名无所不摄。……器即气也，道即理也。合则曰气，散则曰器。（万物散殊，皆名为器。流而不息，合同而化，以气言也。——原注）寂则曰理，通则曰道，其实一也。立二名而义始备，从而二之则不是。然以道望理，则理隐而道显；以器望道，则道隐而器显。（一，P483）
道即言乎理之常在者，器即言乎气之凝成者也。（一，P38）
道、太极等是理的另一种名称，器、阴阳、八卦、三才则是气的别名，理、气或道、器二名可尽摄天下之教，理、道、气、器四名，实则是一，只是从隐显之别上来说可分为两个名称，而不能将理、气截然分为两个。马一浮认为，“天下之道统于六艺而已，六艺之教终于《易》而已”（一，P422），道、器这对概念自然也涵摄、会通佛道二教：“自佛氏言之，即是色、心二法也。老氏曰：‘朴散则为器，圣人用之，则为官长。’（亦曰器长，犹《易》言主器。不敢为天下先，故能为器长；即长而不宰之意。——原注）二氏之言亦不出道、器二义。过此以往，竭天下之言有以知其莫能外于此也。如有所不摄，则非大矣。”（一，P483）以儒家义理总摄群教的意图在这里表现得非常明确、突出。
理、气的关系，是一种体用的关系，它们不离亦不杂。说其不离，除了上面所讨论的，本来是一之外，还在于要于理中见气、气中见理。马一浮用《易传》中的“形而上”与“形而下”概念来解释理和气，并描述它们的这种关系：
有形必有质，有质必有气，有气必有理。未见气，即是理，犹程子所谓“冲漠无朕”。理气未分，可说是纯乎理，然非是无气，只是未见。故程子曰：“万象森然已具。”理本是寂然的，及动而后始见气，故曰“气之始”。气何以始？始于动，动而后能见也。动由细而渐粗，从微而至著，故气由气而质，由质而形。“形而上”者，即从粗以推至细，从可见以推至不可见者，逐节推上去，即知气未见时纯是理，气见而理即行乎其中。故曰：“体用一原，显微无间。”不是元初有此两个物事相对出来也。……就其流行之用而言谓之气，就其所以为流行之体而言谓之理。用显而体微，言说可分，实际不可分也。“形而下”者是逐节推下去。……这一串都是从上说下来，世界由此安立，万事由此形成，而皆一理之所寓也。（一，P38-39）
理、气不可分，有气必有理，有理必有气，气未呈现于前是纯乎理，是气微细之时，并非无气；气到质到形的变化，由细变粗，由微而著，理总是行乎气中，并非无理，它们一体一用，自始至终都是一体的。离开气，就不能见到理，“太极者，一理至极之名；两仪者，二气初分之号。一理不可见，于二气见之”（一，P425—426）。离开理，气也不能存在。能否于器中见道，气中见理，即成圣凡之别。“天人一理，故道器不二。器者，道之所寓也。凡民见器而不见道，故心外有物。圣人见器莫非道也，故道外无事，器之所在，道即在焉。”（一，P484—485）
说其不杂，表现为理、气虽然不能截然分开，但它们又不是直接同一的，各自具有不同的规定性。主要可归纳为理本纯全，气有偏驳。就气来说，“气有偏全、通塞、昏明、清浊之异，人物皆禀是气以为形质而后有生”（一，P64）。三才都禀气而生，因此天人是一气，但人与物、人与人之间所禀之气是有差异的。理则更复杂一些。马一浮认为，虽然讲“体用一如，显微无间”，而且理要于气上见，但气有偏驳，而理作为体来说，则永远是纯粹至善的。
理、气既是一体的，又很不同，这种不离不杂的关系有双重意义：一者，理气一体，理是气的理，是气的本体，对于气可以有一种根本的决定作用；二者，理气不是同一的，理虽然可以决定气，但它不能主动地创造气，理气不是一种创生的关系，气可以不合理，因此会有偏驳。这为善恶的来源及人为善的可能提供了本体论的说明。
二、欲识与法执
理、气既然是构成宇宙天地的基本要素，人自然也不例外，同样是理、气构成的。理、气在人身上分别对应着的是性和情。他说：心统性情，性是理之存，情是气之发。存谓无乎不在，发则见之流行。理行乎气中，有是气则有是理。因为气禀不能无所偏，故有刚柔善恶，先儒谓之气质之性。圣人之教，使人自易其恶，自至其中，便是变化气质，复其本然之善。此本然之善，名为天命之性，纯乎理者也。（一，P19）
性是理之存于人，是本然的善，纯是理，为人人所同，又名为天命之性。情是气之发于人，一般来说包含七情，即喜怒哀惧爱恶欲，其质有刚柔善恶，生来就因人而异，又名为气质之性。性、情如理、气，也是不离不杂的。
在三才中，人有特殊的位置。物我一体，天地是人的先祖，人为天地之合德，得五行之精华（一，P469）。理无差别，而气虽有差别，有差别之气仍是一气。“理无差别，气有差别。性是物我所共，命乃万有不齐，气质之性亦是命。圣人会万物为自己者，不唯因其一理，故即此不齐之气亦是一气也。”（一，P474）因此，人所禀有的性和情并不是天地之理和气的一部分，而是全部，人可与天地同其广大。人由天地变化所生，应以天地为父母，这是儒家、道家和佛教的共识。他批评当时中国所盛行的西方的生物进化学说，这是将人的祖先定为猿猴，人就成为征服自然的产物，失去了道通为一的基础（一，P242）。
性和情从不同角度在佛道那里由不同的概念名词来表示。就情来说，“儒家谓情、佛氏谓识，在《乐记》曰‘欲’曰‘知’，《太极图说》只言‘知’。此‘知’谓徇物之知，故曰‘诱于外’。意存有取，故名为‘欲’。广则有七（指喜怒哀惧爱恶欲——引者注），约惟好恶，得正则善，失正则恶，故周子分善恶言之。以情识之动不即是恶，唯炽而流荡无节乃称为恶”（一，P65）。佛教将人的感官分为眼、耳、鼻、舌、身五根，将外物分为色、声、香、味、触五尘外境，五根与五尘外境一一对应。佛教认为，五根与五尘外境之间本来都是无因缘而生，没有自性的，人的感性自身和外物就像大海中的众沤一样，起灭无常。感性对于外物、外境的欣厌取向，其实是一种虚妄，这种取向就是识，其取向形成一种人身执着的心理势能，就是意根。起于感官的知识都是事物的表象，本来因心而起，是变化流转而非常恒不变的，若认为其不变，妄加执着，则成幻垢法尘或法执，对于性德在自心显现成为一种障蔽。
因此，法执与真实的法性是不相应的，要反对法执。马一浮曾以佛教义理解读老子《道德经》中第十一章“三十辐共一毂，当其无，有车之用。埏埴以为器，当其无，有器之用。凿户牖以为室，当其无，有室之用。故有之以为利，无之以为用。”认为此章即是显缘生之法。车能载重行远，它本身其实无此用，其用有待于人，用乃是缘生之法，没有自性。就车本身来说，它只有相，而无用，其用不在车，也不在人，所以用是幻。车是有，有其相，但用是无，无即是无自性。身心执取这些法相，成为幻垢，障蔽真实法性。这都是反对对于外物、外境的执着，认为外物、外境没有自性，执着是对自性的违背。有之以为法，无之以为用，用待于人，非法本具，故法是缘生，无自性。“以缘生故有，有即幻有，非是定常；以无性故空，空乃本无，非是灭取也。”（一，P96）在庄子那里，身也不是人可得而有的，更何况道。这样，三家共证：
自道家、儒家言之，皆谓气聚则生，气散则死。自佛氏言之，则曰缘会则生，缘离则灭。会得此语，则证二空：身非汝有是人空，不得有夫道是法空。在儒家谓之尽己。私人我，诸法不成；安立，然后法身真我始显，自性功德始彰。故曰：“至人无己，神人无功，圣人无名。”无己之己无所不己，是为法身，即性也；无功之功任运繁兴，是为般若，即道也；无名之名应物而形，是为解脱，即教也。（一，P96）
因此，去矜、去私、去执，是三家之共法，性、道、教皆对此而显现，亦是三家共法。
但教法自有优劣不同。按照佛教、道家对情识、意根的理解，一方面构成对意识外求在价值意义上的否定，逼人反观自身，另一方面也容易造成对世界万物的全面否定。而儒家认为，人的喜怒、好恶作为一事或一物，是人性的自然，因为人不是枯木顽石，其中有合理性，理是其体，视听言动有可能合于理，也有可能不合理，前者是情之正，后者是情之私。只有后者才构成欲，会害仁悖理。“好恶、爱憎，流荡所极，则为忿、欲，忿则斗争，欲斯夺取，害仁悖理，皆由此生。……圣贤非是无怒，怒当于理发而中节，其怒也在物不在己，如明镜照物，妍媸在彼，故能不迁。”（一，P68）这就是说，气或情有善有恶，不能一概否定，主要在于能否应理。
欲就是情之过，气之发用不当，是不仁，因此，仁和欲构成了非此即彼的对反关系，不能同时存在。马一浮论《尚书》“惟精惟一，允执厥中”的“中”和“精一”的含义时指出：“一理浑然之谓中，一有人欲之杂，即失其所谓中矣。……夫曰精一，即不二不杂，安有所谓参半之说邪？”（二，P1049）并举《诗经》“天生烝民，有物有则”说明，男女饮食是物，男女有别、饮食有道是则，有物必有则，是天理，若不顾理，则男女饮食失其道，则是欲，因此，理、欲不能并立，这就是孔子所说的：“道二，仁与不仁而已。”
三、祛习与复性
气质之偏驳，情识之过恶，都是习，它包括善习和恶习两种。习大致是指由气质的偏好和行为的取向而形成的一种较为稳定的心理势能，可能喜欢为善，也可能喜欢作恶，这可能是先天就有的，也可能是后天养成的。恶习自不必说，必须革除，善习也同样如此。可能有人会认为，善习既然称“善”，就应当是可取的，甚至可作为人向善的基础。但在马一浮，习是心理的一种执着，会污染人心性的虚静灵明，造成对本体之理的遮蔽，同样要遣除。因此，他将性与习相对立：“性只是善，无有不善；只是仁，无有不仁。其有不善、不仁者，习也。程子曰：才有一毫私吝心，便与天地不相似。人心本无私吝，本与天地相似，其有私吝者，亦习也。……私是我执，吝是法执，并是虚妄习气。”私吝是佛教用语，习气、私吝心是小，性与天地相似，是大。今人都在习气中生活，从消极面努力，一旦去掉习气，则自性自然发露；从积极面努力，“义理昭著，私吝自消。故明得一分义理，即消得一分私吝。习气消尽，全体是性，便是圣贤”。人要磨而不磷、涅而不缁，性不失不坏，随时从习气中自拔有为，“须知自性本来清净无染，即是性善义也”。（二，P875—876）人的气质既然有习之偏驳，就须知道何为正，何为偏，须变化气质以去其偏驳，这就是学的内容和价值。虽物之不齐，人生下来就有智愚贤不肖之分，但无论人气质美恶皆不可能完美，只是程度差别，因此皆须变化，才可至道。“人虽质美，不能无偏，自知其偏，正好用力。知病便是药，变则可至于道，故谓质美亦须变化也。”（一，P603）若人知道在变化自己气质上用力，就识得救取自己。凡是气质上病痛轻自己又有自知之明的，就容易变化，讲学易入；气质上病痛重又自信甚坚的，就很难救治，虽有良药，无可奈何。
对于习气的纠正和遣除在儒释道三家是共通的。比如老庄讲损益，老子曰：“为学日益，为道日损。损之又损，以至于无为。无为而无不为。”马一浮说这“是为损其习惑至于都尽，则道自显也”（一，P455）。损的是习气，益的是道。并解释“故物或损之而益，或益之而损”，就是讲常人不知习气当去，反而增益助长它，不知习气去除之后，道才得增长，内以理为主则外见气顺。
到得习气遣除，人就可以成为像孔子和颜回那样的圣贤。他引用伊川《颜子所好何学论》的观点，认为孔子到“耳顺”“从心”时习气已经消除殆尽，气质中非理的东西都变化了，不须思勉，心即是理，可以从心所欲，而颜回跟孔子相比，其差别在于颜回还处于“守”的阶段，还没达到“化”的境界，与孔子相差“一息”，假以时日亦为圣，说明圣人可学而至，人人皆应效法颜回。马一浮解释：“颜子虽位齐等觉，已与圣临，犹须思勉。未到颜子地位，不致思，岂能有得；不力行，岂能有中。”（一，P69—70）他认为初学尤其不能不思而得，不勉而中，反对阳明后学执性废修。
马一浮对于祛习非常重视，将祛习与复性当作同等重要的事，因为这两者殊途同归，都可至道。他说：“是故知性习之分而后可以明因革之道。其可得与民变革者，习也。其不可得与民变革者，性也。”（二，P1171）他讲学和个人修养中同时关注这两方面的努力，他自号“蠲叟”，“蠲”义为除去，减免，使清洁。其中蕴含着他对祛习的理解和身体力行。他应蒋介石之邀，到四川办书院，题其名曰“复性”，这是书院的宗旨。之所以叫复性，也是立于自性，且针对时弊而发。他在《书院之名称旨趣及简要办法》中说：“学术人心之所以纷歧，皆由溺于所习而失之，复其性则同然矣。……教之为道，在复其性而已矣。今所以为教者，皆囿于习而不知有性，故今揭明复性之义，以为宗趣。”（一，P749）复性是学的目标，而祛习则是学的方法途径。书院之设立，始于立身，终于化民成俗，因此，当此乱世，须蠲除门户之见，砥砺品性节操，特立独行，才能外御强敌，不应把心性之学作为空谈，而处处以西学为鹄的。
四、性德的认知
对于性和理的关系，马一浮在本体论上基本继承了程朱理学“性即理”的看法。性是理的全体，并不是理的一部分。天地人虽事相上有差别，但所禀之理是同。“自佛氏言之，总该万有，即是一心；自儒者言之，通贯三才，唯是一性。”（一，P243）通贯三才的是一理，也即是一性。他在解释《论语》最后一章“不知命，无以为君子也”时指出，性、命、理三者是一：“性、命一理也，自天所赋言之，则谓之命；自人所受言之，则谓之性。不是性之上更有一个命，亦不是性、命之外别有一个理。……尽心、知性、知天不是分三个阶段，一证一切证。”（一，P31—32）唯有这样，人自我自律的修养才有完整的道德合法性。性和德是意义极为相近的两个词。这两个词都表示理之在人，这是它们的相同之处。但也有所差别。一般来说，性表示人所有美德在自身的根源，更多地和“理”相联系，是对道德本体的总称。而德则可分别表示性的不同面相，如仁、义、礼、智、信等，更多地和具体的行为表现相联系。
马一浮常常将“性”“德”连用，成为“性德”，这个词可以显示道德的先天性、完满性及与日常行为的密不可分，主体词是“德”。他说：“知德即是知性，由道即是率性，成德即是成性，行道即是由仁为仁。德即是性，故曰性德，亦曰德性。（即性之德，是依主释；即德是性，是持业释。——原注）”（一，P220）他曾以“变灭从缘，虚空不烂”来言性德，前半句表用，后半句表体，表明“性德”是兼体用的。他解释伊川的《颜子所好何学论》中的“其本也，真而静，其未发也，五性具焉，曰仁、义、礼、智、信”，认为这是举性德：“本谓心之本体，即理也。无妄曰真，本寂曰静。《乐记》曰：‘人生而静，天之性也。’一理浑然，常恒不变，其体本寂，故曰‘真而静’。未发谓‘冲漠无朕’，五性即性中所具之五德。德相有五，实唯一性，人人同具，无有增减。”（一，P64—65）性是人心之本体，性即理，无妄而本寂，仁义礼智信是性之五种德相，是人人同具、没有增减的。性和性德的使用范围还是略有区别的，性的使用范围更广，性德作为人性，特指人的合于理。
在“性德”这个概念下，马一浮将一些世俗习见的概念做了语义探源式的重新解释，使这些名词从有限的、历史的概念变为有永恒价值的理性道德行为标准。比如，对于“礼”和“义”。“义为礼之质，所存是义，行出来便是礼。又礼与义本是性德，就其断制言之，则谓之义，就其节文言之，则谓之礼。”（一，P305）礼与义，皆为性德。礼是天理本身所有的条理，这是礼的本质，不能只以制度仪节等为礼。义是天理本身的是非决断。再如，天、帝都表性德之名。“至高无上曰天，审谛如实曰帝，皆表理之名。圣人与道为一，即与天同德，故曰‘配天’。天、人对言，故曰‘配’耳。实则一性无际曰天，法尔纯真曰帝，性外无天，人外无帝。本来具足，是曰天成；一念无为，斯名帝出：皆性德之异称耳。……天地之塞吾其体，何莫非天也；天地之帅吾其性，何莫非帝也。或言法界，或言道体，皆天帝义也。”（一，P249）天是表示性德之体存在的普遍性和崇高性，帝表示性德之体存在的纯真性和统帅性，将天、帝人格化、神秘化的意味彻底消除了。
性德是实体，但不是可把捉的物质性实体，既看不见摸不到，也不是思维所能强探力索的，从这个角度说，它是无。马一浮在《复性书院讲录》中通过对《礼记·孔子闲居》的解读详细阐释了这个问题。子夏请教君子如何可为民之父母，其实是问君子德性的内涵。孔子答以致五至、行三无。对于“五至”，孔子说以志、诗、礼、乐、哀的迭次生成，其实是表明性德不拘一隅的普遍性。马一浮也从言行德性来解释，他对“至”的阐释可看作是对性德之理概括性的正面描述：
至有三义：一来义，二达义，三极义。湛寂之中，自然而感，如火始然，如泉涌出，莫之能御，此来义也。如水浸润，竟体皆濡，如光照耀，幽暗毕烛，更无不到处，此达义也。如登山到最高顶，如涉水彻最深底，过此更无去处，此极义也。（一，P276-277）
他描述了理气如一的一种存在状态，所谓“神用无方，寂而常感”，非常精妙，也很微妙难识。因为此性此理毕竟是实见实感，是语言所难以尽其底蕴的。孔子的描述是：“是故正明目而视之，不可得而见也；倾耳而听之，不可得而闻也。”（《礼记·孔子闲居》）表明它不是可见闻的一物。马一浮认为它也不是一种境界，境界是心或识所变成，“了境唯心，离心无境”。（一，P396）境不是根本性的本体，不可执取，否则成为对性德的遮蔽。因此要“行三无”（无声之乐、无体之礼、无服之丧）。三无指“心行”而言，不是缘物而起、可见可闻的事相，如乐之声律，礼之度数，丧服之等级等，因此称之为“无”。但“无”不是虚无，而是实相。“钟鼓以为乐，升降以为礼，衰绖以为服者，礼乐之文也；‘三无’者，礼乐之情也。……若专以形名器数说礼乐者，则事相有所限，未足以尽此心之量也。”（一，P280）“礼乐之情”即是性德。
性和理既是人人所具的，也是不能授受给予的，它有赖于每个人在自身发见。在此，“性”这个概念也有特别意义，它特别表示三才所固有禀赋的理，是人本身所具的，不能向外求理。因此它不能完全用“理”这个词来代替。“离性而言理，则理为幻妄。”（一，P221）离性向外求理，不知理在自身，应反身而求，而向外求，则理成隐背，是舍己求人。“理本寂然，但可冥证。”（一，P425）“理与德默而自证，故属乾知，成己性也。”（一，P469）但内求默证也会产生像上面所讲的，将某种识变的心理意义的境界当作性理、悟道，马一浮告诫：“此事大须子细，不可卤莽承当，错下工夫，翻成执碍。”（一，P524）凡有物可把捉，如一种恍惚的境界者皆非道，这仍是一种知觉、见闻，属气，须知止而后能定静，于气中见理，理中见气方可。（一，P524—525）“所谓性者，亦非有浑然一物可以把捉，但随时体认，不令此心走作向外，则得之矣。”（二，P424）为此，还要进一步了解性与修、理与证的关系，才能避免这种情况产生。“得之”即是悟证，这有赖于人自身努力的修养工夫。
在他那里，“穷理”更少学究气、书卷气，主要成为一种日常当下可行的修养工夫。穷理、尽性、至命是一件事：“故格物即是穷理，穷理即是知性，知性就是尽心，尽心就是致知，知天就是至命。程子曰：‘理穷则性尽，性尽则至命。’不是穷理了再去尽性，尽性了再至于命，只是一事，非有三也。……此（按指《中庸》所谓‘尽其性、尽人之性、尽物之性、赞天地之化育’。——引者注）是一尽一切尽，其间更无先后。”（一，P113）六艺之道都具于自性之中，因此是古今不变的法则。“性外无道，事外无理。六艺之道，即吾人自性本具之理，亦即伦常日用所当行之事也。亘古亘今，尽未来际，尽虚空界，无须臾而可离，无一事而不遍者也。……吾人性德本自具足，本无纤毫过患，唯在当人自肯体认。”（一，P211）六艺所陈之义理性道是永恒的，也是普遍存在的，而不是暂时的（只存在于特定社会）、有限的（只属于特定阶级），只要人们愿意反身回观，则性德自足，远离私欲的过患。他甚至效法禅宗，告诉向他问学的人，不必理会很多佛理，只要自识便可：“释迦、老子、文殊、普贤、观音、弥勒只是一群闲汉。……今语公只须识得自己，更不用理会诸佛，此语决不相诳。”（二，P418）而在浙江省政府举行的一次教师节孔子纪念会演讲词中他表示，心性不是暂时的，而是永恒的；孔子不是历史的，而是现实的：
凡世间有形之物，可以毁灭，唯有心性，不可毁灭。……盖今日在会诸君尊崇圣道之一念，即是人心中有一孔子诞生也。欲明孔子之道，须求之自己心性。历史上之孔子是迹，自性中之孔子是本。（二，P1258）
想求自性中的孔子，就要从判敬肆、辨义利、慎言行等修养工夫入手。
陈来指出，马一浮的思想特质应属于“即内在即超越”，“内在的真实体悟已经同时就是知天合天，并不意味着需要经过一个过程再去接通超越”。作为信仰，它“不是知性和理性可以了解的”，其“本体论亦可借助一种知性结构加以表达，但真正的‘证实’则需要工夫的‘自证自悟’。”这里的工夫的自身和本体显现其实是一个共时的历程，人的悟证与理的具体内容之间，不是认知主体与知识客体的关系，不是一个二元对立的结构，而是一个由人而天的超越，或者人向自身的回归。因此，这是不可能求诸他人的，悟就是理显现于自身，是成己之性；迷就是自身欲的放纵，是凿己之性。而一性无外，所谓“性外无理”“性外无事”，尽心、知性不但是成己，也是成物。
在这里，要去除人我之别，才是回到真己，人就可以尽己（忠）、推己（恕），这个己不是私己，而是具有普遍性的我。他批评当时的学者受西方学术的影响，把事物从自身推出去，客观地研究。
今时学者每以某种事物为研究之对象，好言“解决问题”、“探求真理”，未尝不用思力，然不知为性分内事，是以宇宙人生为外也。自其研究之对象言之，则己亦外也。彼此相消，无主可得，而每矜为创获，岂非虚妄之中更增虚妄？以是为穷理，只是增长习气；以是为致知，只是用智自私：非此所谓穷理致知也。（一，P114）
他认为，用这样的态度穷理致知非但无益，反而有害，只是增添虚妄而已，体现出他对现代学术方法的批判。有张君欲以科学方法研究儒学，马一浮认为所谓科学方法，是以思量分别之心，勉强杂糅而成体系：“今时科学哲学之方法，大致由于经验推想、观察事相而加以分析，虽其浅深广狭所就各有短长，其同为比量而知则一。……其较胜者，理论组织饶有思致可观，然力假安排，不由自得，以视中土圣人‘始条理’‘终条理’之事，虽霄壤未足以为喻。”（一，P519）这种科学体系是以揣摩推想而来的，是义袭而取，而圣人之学则必本自身体验而来。
在马一浮那里，性和理的表达更主要只是指示一种生命的信仰和学问的至善方向和价值源头。郭齐勇说：“由于马一浮‘心统性情’的心性论以‘性德’为中心、根源关键，并重视反求诸己，回归性德，使得人性分内所本具之德性不受习气之遮蔽扭曲，因此他特别重视会通儒佛二宗特别是宋明理学的修养工夫论，并形成其以‘复性’为方向的本体—工夫论。”马一浮的“大创举”为传统文化的现代转型提供的新范型对于克服“当代科技商业社会的发展所造成的道德价值失落和人的自我丧失的问题”具有重要作用。
作为融会儒释道三家的大师，他固守传统儒学的以实践的修养为学问的主要途径和归宿，这也可以说是对以西学为源头和法式的现代科学学术的一种批判。因为，将一切事物包括自身客观化、对象化，是现代自然科学和人文社会科学的基本方法，认为不如此，其知识就是想象性的、没有客观有效性的幻象。而马一浮则将此种知识归为虚妄，归于增长习气、自私用智。这里涉及现代思想史上的科学与人生观之争。德性与知识、科学主义与反科学主义的问题是现代中西方思想史上一个非常重要的问题，在此，笔者没有能力对这两种方法孰是孰非做评判，但很明显，马一浮是一位反科学主义者，用科学思维是难以理解马一浮的。如果现代和现代性就是科学主义及其知识学术体系的话，那么，马一浮就是现代性的反对者和批判者。
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