新疆自治区革委会在成立后，革委会主要负责人龙书金秉承林彪、江青的旨意，把已经担任区革委会副主任、新疆军区政委的王恩茂又拿出来进行批判。
在10月13日至31日召开的八届十二中全会上，林彪对龙书金说：“贺龙在新疆搞了不少鬼。”“贺龙同王恩茂搞了鬼，把新疆搞成了独立王国。”
在11月10日至12月20日召开的新疆军区四级干部会议上，以贯彻传达八届十二中全会为名，龙书金秉承林彪、江青的旨意，对王恩茂进行了新的迫害。他在军区党委常委会上诬陷“王恩茂和军区党委、常委少数人，长期以来大搞宗派主义、山头主义、独立王国”，大批王恩茂和军区党委常委的“严重罪行”，大批“三不听，同时还批了二月逆流，并以军区党委的名义向各级党委发了“打倒王恩茂”的电报。
在龙书金的操纵下，他们给王恩茂戴上了“五顶帽子，一把伞子”的罪名：王恩茂是新疆独立王国的总头目、是推行二月逆流的急先锋、是刘少奇黑司令部在新疆的头号代理人、是新疆最大的走资派、是牛鬼蛇神的总后台，是武光、吕剑人等人的保护伞。
在这次大会上，宣布了对张英明等人实行军事监护并进行批斗，同时也准备对王恩茂进行监护。会议后期，以军区党委名义向驻疆部队发了“打倒王恩茂”的电报。
随后，在11月28日至12月13日召开的区革委会第二次会议上，再次对王恩茂进行了猛烈的批判。会议通过了攻击和批判王恩茂的【新疆自治区革委会第二次全体委员扩大会议纪要】。会后，地方和部队都集中揭发、批判王恩茂，同时还株连了一大批自治区、军区的干部和群众。
12月28日，新疆日报发表社论【彻底肃清二月逆流在新疆的流毒】，以整版篇幅，公开点名批判谭震林和王恩茂，并把不同意批二月逆流的干部群众诬陷为“伴脚石”、“阻力”，号召冲破阻力，搬掉伴脚石。
1969年1月10日，区革委会生产组会议刚刚结束，经区革委会副主任、造反派头头杨立业等人的密谋策划，乌市十月拖拉机厂一派群众，把刚走出革委会办公大楼的王恩茂挂上黑牌子，强行绑架到事先准备好的大卡车上，在市区主要大街上游街示众。在游街时，王恩茂被两个大汉架着站在车上，领章和帽徽被撕掉，一些人不断地向车上投石子、吐口水，甚至殴打王恩茂。直到下午三点钟才把他送回革委会大院。同时，龙书金等人还想把王恩茂排除在党的九大代表之外。
周总理知道这一消息后，于1月12日以中共中央的名义向新疆自治区革委会来电指出：“新疆自治区出席九大的代表应包括王恩茂同志在内”，“如说服党员干部和党内外革命群众需要时间才能选出，可先将王恩茂同志全家送来北京，以便继续工作。”
1月15日，周总理派专机把王恩茂全家接到北京。到了北京，王恩茂被分配到空军学院举办的新疆班学习。他每天在学习班做检查，接受无休止的大、小会的批判。后来，王恩茂到安徽省芜湖任地委副书记，南京军区副政委，吉林省委第一书记，吉林省军区第一政委，沈阳军区副政委。
