新疆军区在开展三支两军工作中，避免不了陷入派性的旋涡之中，支一派，压一派，使新疆的派性斗争急剧升温。
1967年6月以后，随着文化大革命的不断深入，不同观点的群众组织相继建立了条条组织，除了三促与三新之外，还有处于二者之间的红三司和红联军。由于观点的对立，矛盾不断加深激化，血腥的大武斗发生了。仅在六月至十月，双方在新疆医学院、头宫、人民广场、八道弯、北门、肉联厂等地发生了大规模武斗，造成重大的人员伤亡和国家人民财产的巨大损失。
11月24日，鉴于全疆各地发生了连续不断的流血事件，中共中央开始着手解决新疆问题。于是，王恩茂等新疆领导奉周恩来指示又来到了北京，商讨解决新疆问题。
12月28日，周恩来接见王恩茂等人，陪同接见的有康生、聂荣臻、杨成武等。
一见面，周恩来就说：“新华社在一个多月里，先后报道了红二司的活动情况十七次，这就合法化了？我开始不知道，觉察后说服他们不要登了。”
在舆论导向的影响下，空九军由原来支持三促改为公开支持红二司等造反派组织，使新疆的局势更加复杂。区级机关163名各级干部发表声明支持红二司，空九军就成了造反派的后台。
周恩来告诉于应龙【空九军政委】、刘发秀【南疆军区司令员】、曾光明【南疆军区政委】、李凤友【北疆军区司令员】：
“就是因为你们那里闹得凶，才把你们找来。”
在问了哈密铁路桥梁厂两派武斗的情况后，总理说：“军分区和空九军不一致的问题在部队解决。于应龙同志，你们支左不能支派！现在跟一二月份不同了。你们首先要两派停止武斗，武器封存，火车要通，军区、兵团、空九军今天下午想办法协商，这是我的要求。今天下午就把武斗停止下来。”
聂帅说：“红二司非打倒王恩茂不可，空九军要做工作。这次来希望把新疆问题大体解决。”
杨成武说：“主席讲，要解决一个地区的问题，首先要解决军队的问题。”
吴法宪说：“空九军支持红二司是对的，但不反对红一、三司。”
新疆的领导在北京开了两个月的会之后，总理的联络员向总理作了汇报。
1968年3月3日，周总理对新疆问题做了如下指示：
要检讨，一是王恩茂同志的，一是军区的。检讨要深刻，姿态要高，要有高水平高质量。中央看到检讨后要说话的。这个检讨好了，会促进新疆的大联合，有利于解决新疆问题，中央就好说话，好做工作。王恩茂和军区的检讨大体可以过得去，就可以叫群众组织到北京来，解决新疆的问题。
王恩茂的检讨写好以后，总理亲笔进行了修改，并让王恩茂给毛主席写了一封信和检讨一起送上去。周总理这样做的用心可谓良苦，一是体现了他对王恩茂的真心关心、爱护，一是体现了尽快解决新疆问题的焦虑心情。
