一九六七年一月时九日至二十五日，在上海一月风暴的影响下，新疆自治区也发生了大夺权行动。夺权之后，新疆各级党政机关普遍瘫痪，社会秩序一片混乱。
一月二十八日，叶剑英以中央军委的名义给新疆军区党委致电：王恩茂、郭鹏、左齐、张希钦、徐国贤、丁盛、悲周玉等同志是人民内部矛盾，他们不是三反分子，望你们向大家作妥当解释。
二月七日，毛泽东在一份材料上批告林彪、周恩来、叶剑英、徐向前、聂荣臻：“有些问题处理得太慢了，新疆问题应当尽快解决。”二月七、八两天，周恩来约叶、徐、聂同自治区负责人谈新疆问题，认为新疆夺权条件不成熟。随后，中共中央、国务院、中央军委、中央文革在北京召开了解决新疆兵团问题的会议。
在这两天里，周恩来、叶帅和聂帅两次接见了王恩茂等新疆领导。
周恩来对王恩茂等人说：“新疆问题，昨晚我报告主席，三分三解，军区、兵团、地方公开解决。最复杂的是兵团，又是兵又是民，又是边疆，不同于一般的生产单位，不同于一般的生产兵团，是保卫边疆、武装起来的生产兵团。”
“新疆武器很多，更要谨慎。三个矛盾，主要矛盾是新疆生产建设兵团。要解决好兵团的问题，关键又在军区。首先要把军区稳住，然后才去支持兵团，支持自治区。军区最主要的是防止急躁，防止扩大化。一旦扩大化，就会误伤群众，孤立自己。现在事态发展很清楚，反动分子暴露出来了。军区可以出动部队——”
叶帅接着说：“八条最主要的是稳定。要恢复军区机关的工作秩序。但不要以其人之道，还治其人之身。要强化军区机关。——只要新疆军区稳住了，紧紧掌握住部队，才能支持兵团，支持自治区党委。要恢复自治区党委的威信。王恩茂同志在新疆工作十多年了，是有威望的。文革中低落一点，你们要帮助他恢复威信。军区要改造兵团支持地方。”
周总理、叶帅等向王恩茂等交待了方针和方法。大家心中有数了，信心也足了。
二月十一日，中共中央、国务院、中央军委、中央文革公布了【关于新疆军区生产建设兵团文化大革命的规定】【即十二条】。
十二日晚，周恩来、叶剑英、聂荣臻及肖华、李天佑接见王恩茂等新疆领导，周总理反复说：“你们回到新疆后，还要做艰苦的工作，这个时期的问题与你们无关。”
叶剑英也说：“对当前的情况，不能急，要退避三舍，要有耐性。”
十三日，张希钦和郭鹏等乘飞机返回乌鲁木齐。
在京期间，从一九六六年十二月二十四日至一九六七年二月十三日共四十二天，王恩茂等新疆领导的主要任务是随时等周总理、叶帅等中央领导的接见，汇报新疆文革的情况，叁与新疆文革有关方针政策的制定，收阅中央军委抄转的电文，了解新疆及其他省区文革的情况，叁加新疆到京群众组织的批判大会等。
毛主席在接见各大军区的领导同志时，王恩茂也代表新疆军区去叁加了。
由于新疆地理位置的特殊性，当时的严重局势引起了中央领导的密切关注。他们在日理万机的情况下，不得不拿出很多的精力来解决新疆问题，不失时机地制定了“稳定军区、稳定兵团、支持地方”的方针，以及具体实施方法、步骤，从根本上支持了新疆的工作，为扭转新疆形势提供了可靠的依据和前提。
