在文革初期，自治区党委对外来省市来串联的红卫兵是坚决反对的，他们派出专人赶往吐鲁番、哈密火车站劝阻来疆串连的学生，说服他们返回原地闹革命，但全国的文化大革命来势凶猛，根本无法劝阻外来学生。随着文化大革命的不断深入，“炮打”、“火烧”、“砸烂”之风很快漫延到新疆各地。
就这样，在批判资产阶级反动路线、破四旧的借口下，一批又一批的各级领导干部被楸出来批判、打倒或游街，相继都靠边站了。
在九三事件期间，王恩茂和赛福鼎【自治区政府主席、新疆军区副司令员】由于担任军职，在军区有自己的办公室，所以他们都搬来军区办公。九月六日，为了确保区党委工作的正常进行，区党委和政府把全部档案、机要处、秘书处都搬到军区办公楼地下室。当时军区副司令员郭鹏、张希钦、副政委左齐都是区党委常委，他们都经常叁与研究文化大革命的问题，陪同王恩茂接见红卫兵。
九月九日，乌鲁木齐市大中学校红卫兵总部【红一司】筹委会成立，陆学斌【区党委候补书记】、何家产【军区叁谋长】叁加了会议。十月，新疆红卫兵革命造反司令部【红二司】成立。此后，各式各样的造反组织纷纷成立。
随着各种群众组织的成立，新疆的造反派组织也出现了对立的局面。特别是红一司和红二司，他们都有自己的目标和指导思想。
九月十七日，乌鲁木齐地区五万各族群众在人民广场集会，庆祝毛主席再次接见红卫兵和革命师生，自治区党政军领导出席了大会，王恩茂在大会上讲了话。
当时王恩茂被说成是新疆头号的走资派和镇压革命群众的元凶，自治区的其他领导吕剑人、武光、包尔汉等被说成是大叛徒、特务、里通外国分子、阴谋家和野心家。
九月二十三日，王恩茂在接见红卫兵时说：“笼统地讲炮打司令部，不分是什么司令部，是无产阶级司令部，还是资产阶级司令部，都是炮打，这是不符合毛泽东思想的，是不正确的。我们的党是一个伟大的、光荣的、正确的党，不能因为党内有一小撮走资派，就对我们党没有一个正确的估价了，就把党看成一团黑了，就认为这个党组织不好，那个党组织也不好了，这个人是走资派，那个人也是走资派了。我们的国家领导权是掌握在无产阶级手中的，无产阶级是通过它的先锋队——中国共产党领导我们国家的，我国绝大多数领导权还是在无产阶级手里，对此应当有正确的认识。关于九三冲击自治区党委，绝食、打人，我不同意九三事件是革命的。”
当时，由于文化大革命的冲击，新疆的经济建设遭到巨大的损失，在这艰难的时刻，王恩茂还是尽自己的能力，狠抓对工农业生产不放。新疆重点水利建设工程——头沌河水库工程提前于九月二十六日导流合拢。清河总干渠、碦什河东岸大渠水利工程峻工放水。二十九日，新疆八一钢铁厂东方红一号高炉正式投产。
