一九六八年五月六日，四川省革命委员会成立，邓长春任常委。
一九六八年十一月七日，在北京召开的国防企业工厂和协作工厂抓革命促生产会议【也称八一五会议】上，与会代表揭发军工系统两大派负责人邓长春、方正文【八一五派】二人指挥武斗，枪杀俘虏，以“武斗杀人”、“破坏大联合”等罪名被逮捕关押。
十一月九日，重庆市革委会、警备区驻军负责人宣布：邓长春、方正文在北京八一五会议上已按照中央、中央文革的指示逮捕，并公布邓、方两人的罪行材料。此后，四川省革委会撤销了邓长春的常委职务，重庆市革委会撤销了方正文的常委职务。
文化大革命结束后，邓长春被重庆市中级人民法院判处有期徒刑二十年。刑满后他出狱在私营企业工作。
二零零三年春节，邓长春在重庆逝世，终年五十八岁。
