九月二十二日，根据中央决定，长春、吉林、四平市驻军、各大派组织代表和沅泊生、兰于亭等领导干部一起赴京听取中央指示，协商“拥军爱民、制止武斗、恢复生产”等问题。
周恩来针对吉林省的情况作出三点指示：
一、立即停止武斗，封存并上交各种武器、装备和军用物资，立即恢复生产、交通和社会秩序。
二、到京代表一定要按中央指示精神，带着无产阶级党性来，不要带着小资产阶级派性来。
三、各群众组织在代表协商期间，任何一方不得挑起武斗，破坏生产和交通。凡是违反者必须追究责任。代表到京是为达成协议，不是吵架。
同时，长春警备司令部发出【关于立即停火和封存、收交武器的规定】。
九月二十五日，吉林省赴京代表团发出紧急倡议，要求两大派立即全面无条件停火，立即就地封存武器、弹药、装备和物资，由长春警备司令部收缴。
九月二十七日，长春驻军负责人召集公社派和红二派代表开会，研究上交武器、庆祝国庆节和释放双方被抓人员等问题。
十月五日，长春两大派与长春警备司令部经过协商，达成【上缴武器、恢复交通、恢复社会秩序的协议】。
十月七日，吉林省、长春市两大派组织和长春驻军的代表在北京签订了【关于拥军爱民、制止武斗、恢复生产的协议书】。
十月十二日，省市两大派组织和长春警备司令部的代表在北京达成【关于退回原单位抓革命促生产、复课闹革命的补充协议】。此后，双方开始拆除工事，上交武器，武斗逐渐平缓，局势开始有所好转。
十月十六日，吉林医大八一八等公社派以回校复课闹革命为名，抢占医大基础大楼，与造反军等红二派发生武斗。周恩来指示，双方要按照协议处理，由军队保护，两派都要撤出大楼。但两派不听周的指示，继续在楼内互相坚持。
十月三十日，长春两大派赴京代表共同作出【关于彻底上交武器装备和军用物资的规定】。规定收缴武器如遇阻挠或反抗时，由军方强行收缴。
十一月八日，在驻军的帮助下，公社派和红二派达成协议，共同叁加军方主持的毛泽东思想学习班。
十二月二十三日，长春市两大派四大组织和长春警备司令部的代表签订了【关于贯彻长春市两大派关于彻底封存上交武器和维护社会治安的协议的具体措施】。二十一日，长春市两大派和警备司令部的代表又签订【长春市两大派关于彻底上缴各种武器的补充协议】。两派代表都表示在年底前全部、彻底上交各种武器、弹药和其他军用物资。
十二月二十八日，省红革会省公安厅联合接管委员会发出公告，决定撤销将吉林体院造反大军、吉林省革命工人造反大军、长春市革命群众自发造反大军定为反革命组织的【通告】，并对三个组织予以平反。
一九六八年一月一日，吉林省各级公检法机关根据中共中央指示精神实行军管，并将法院与公安部门合并。
一月二十一日，长春市两大派组织在北京达成【吉林省长春市两大派四个革命群众组织关于实现革命大联合的协议】。
一月二十四日，中共中央、中央文革对【吉林省长春市两大派四个组织关于实现革命大联合的协议】做出批示：中央同意并支持这个协议，希望长春市广大革命群众认真贯彻执行，保证落实。
一月二十五日，长春市两大派达成协议，决定成立吉林省长春市革命大联合委员会，其主要任务是，积极促进和巩固基层单位按系统、按行业、按班级的大联合，积极筹建工代会、农代会、红代会，为吉林省和长春市在最短时间内建立革命委员会创造条件。
一月二十六日，长春市两大派和驻军指战员十五万多人在人民广场召开庆祝大会，欢呼吉林省长春市革命大联合委员会成立。会上宣读了沈阳军区和两大派赴京代表团发来的贺电，大会通过了【给毛主席的致敬电】。
一月二十七日，省军区、驻军部队和长春市两大派四大组织共同召开拥军爱民大会，号召加强军民团结，推动和巩固群众组织的大联合。
二月二十二日，中共中央、国务院、中央军委、中央文革对【沈阳军区党委关于成立吉林省革命委员会的请示报告】做出批示：中央同意【中共沈阳军区党委二月二十四日关于成立吉林省革命委员会的请示报告】。
三月六日，吉林省长春市三十万军民在地质宫广场隆重举行吉林省与长春市革命委员会成立和庆祝大会。大会通过了给毛主席的致敬电，发表了【告全省人民书】和【告全市人民书】。会后举行了盛大的庆祝游行。
