革委会成立之后，权力掌握在军代表的手里，干部代表和群众代表不起作用，群众代表只是个花瓶和陪衬。当时有一种说法，说群众代表是“开会主席台，看戏前三排，电话一打小车来。”
一九六八年底，湖北省开展情理阶级队伍运动，各单位纷纷举办五不准学习班，把大批造反派代表作为专案审查对象。军代表支持和依靠保守派利用清队来整造反派。同时，各单位还发起“捅马蜂窝”运动，以夺取早反派在各级革委会中的政治地位。三结合的各级革委会名存实亡，造成“造反者被造反，夺权者被夺权。”
一九六九年初，单位的保守派来胡厚民家中抓他，胡厚民及时跑掉，到了青岛。此后，胡厚民领导了反复旧运动。
对胡厚民及湖北造反派以致命打击的，是一九六九年下半年开始的清查“北、决、扬”、“五、一六”和批判极左思潮，简称“两清一批”，时间长达五年。胡厚民被称在北京组建五一六核心领导小组，是湖北地区“北、决、扬”的总头目，他为此在文革中第二次被关押达四年五个月之久。
一九六九年十一月上旬，中央在北京开办湖北省毛泽东思想学习班。造反派组织的骨干和头头一千多人被集中在北京空军学院。学习班的负责人是军代表张昭剑。他在学习班里把主要矛头指向三钢三新。因为工总组织大，在武汉乃至湖北的影响都很广，而胡厚民的点子比较多，张昭剑就把朱红霞、胡厚民列为重要对象。
一九七零年五月三十，胡厚民、杨道远、李想玉等人从学习班被逮捕单独押解回武汉。胡厚民、杨道远被定性为湖北省五一六的总头目。六月十一日至十六日，经中共中央批准，湖北省革委会召开扩大会议批斗胡厚民、李想玉等。
胡厚民拒不认账，但一点也不妨碍他成为双料的反革命分子。曾思玉【湖北省革委会主任】在一九七一年一月十七日省的两代会上，称胡厚民是五一六和北决扬的总头目。曾思玉说：“要把北决扬的总头目胡厚民的三个反对、三个重建、三个长期斗争的反革命纲领批倒批臭。”“胡厚民就是【工总】驻北京联络站的站长，干了许多反革命勾当。他与五一六合伙。”
到了一九七二年，胡厚民被关押在省公安厅。一九七三年，又把他转移到秦宁关押。
