一九六六年六月二日，南京大学学生王钟元率先在分校贴出第一张大字报，“声援北大革命师生的正义斗争”。接着，二年级学生蔡琼等又联名贴出了【十问匡校长】的大字报。在他们的影响下，其他同学纷纷贴出大字报。
面对铺天盖地而来的大字报，南京大学校长兼党委书记匡亚明立即召开分校党总支扩大会议和党员大会，布置反击，将贴大字报的师生定性为“反革命”和“右派”。六月三日，将十几名学生干部，包括胡才基、孙家正等列为“六二事件”的主谋，加以批判。
康生得知南京大学六二事件后，立即做出批示：南大师生贴大字报是革命行动，匡亚明镇压学生运动是错误的。
六月八日，江苏省委得知中央批示后，宣布撤销了匡亚明党内外一切职务。
六月十三日，【新华日报】报道撤销匡亚明职务的消息，称“匡亚明在六、二事件中走上了反党反社会主义的道路。”南大部分师生认为这个结论是有意掩盖匡一贯反党反社会主义的本质，有包庇黑帮的嫌疑。另一方面，【新华日报】还把楸出匡亚明的功劳己在江苏省委头上，以此给江苏省委定下不容怀疑的调子。当天，南京农学院学生给该报社贴了第一张大字报，题目是【这里有鬼】。不到两个小时，报社内外贴满了大字报。他们要求【新华日报】和江苏省委对这个问题加以解释，承认错误。江苏省委派出四百多名公安人员赶来镇压，拘捕了带头闹事的人。“六、一三事件”被江苏省委定性为“少数坏人闹事”的事件。