在此之前，朱永嘉虽然很早就投入写批判吴晗的文章，但当一九六六年北京大学聂元梓的大字报发表后文革运动开始席卷大学校园时，他却充当了【保皇】的角色，说复旦党委是紧跟上海市委的，而上海市委是紧跟中央的，劝阻学生不要把斗争矛头对准学校党委。

　　稍后，朱永嘉受上海市委去北京了解文革的动态。在京他遇到张春桥，张暗示他要起来造市委的反。 他被红卫兵楸回学校后批斗了三天，在红卫兵的压力和张春桥的鼓励下，他写了第一张大字报【我要造反】，他也要造反了。

　　此时上海市委写作组的徐景贤在张春桥、姚文元的策动下，也想起来造反，但一时还下不了决心，他便去找朱永嘉商量，朱永嘉见到他的第一句话就是：我想来想去，市委对我也没有什么呀，于是下决心起来造反，成立了上海市委机关革命造反联络站【机联站】。徐景贤、朱永嘉成了机联站的头头。

　　一九六七年一月，整个上海陷入大造反的浪潮之中，局势极度混乱，面临停电、停水、停交通的困境。于是铁路、海港等相关局的造反派联合组成抓革命促生产火线指挥部，着手恢复正常的生产秩序。朱永嘉自始至终参加了火线指挥部的工作，起了重要的作用，张春桥知道后称赞他“搞学问搞写作的人，能搞政治，抓火线指挥部，真不简单呀。”在此期间，他亲身经历了红三司接管上海市公安局、红革会炮打张春桥和处置支农司这些事，还被支联司抓去作为人质扣押了一个晚上。

　　朱永嘉成了上海市造反派的笔杆子，为上海市造反派组织起草了大量的文件、布告、通告等文章，为大乱上海制造舆论。

　　上海革命委员会成立后，朱永嘉担任了革委会的常委，主管写作组，创办【朝霞】、【学习与批判】等刊物，实际上是上海意识形态的主管。