一九六七年二月底，为了扭转新疆的混乱局面，中共中央、国务院、中央军委指示，由新疆军区代行自治区党委、人委的权力，对重要部门实行军事管制。
三月三日，新疆军区对【新疆日报】社、新疆人民广播电台、乌鲁木齐有线广播电台实行军管。接着，对公安、交通、铁路、邮电等一百五十多个机关、厂矿企业和部门也相继实行了管制。三月以后，军队基本上控制了新疆局势。但是，在实行军事管制中，新疆军区也陷入了派性斗争之中。
三月十二日，新疆军区在乌鲁木齐人民广场主持召开由三促会为首组织十万人参加的“抓革命、促生产誓师大会”开幕式，大会不准红二司派群众代表叁加，大会中还提出“打倒武光、吕剑人、张仲翰、陆学斌、包尔汉、伊敏诺夫”的口号。
三月二十六日，周恩来在中南海接见新疆造反派驻京代表时指出：三月十二日大会，不要红二司及其他造反派叁加是错误的。
新疆军区在实行军管和开展三支两军工作后，继续坚持派性立场，亲一派，疏一派，支一派，压一派，对造反派三新采取打压政策，激起了造反派的反抗和斗争。新疆军区的军事管制，不但没有稳定新疆的局势，反而更加激化了新疆两派斗争。
五月八日，爆发了【新疆日报】事件。
【新疆日报】是新疆造反派最早夺权的单位。早在一九六七年一月十二日，以红二司为首的造反派就夺了报社的权，把【新疆日报】变成了造反派的派报，成了新疆造反派的喉舌。三月三日，新疆军区对【新疆日报】实行军管，停出“造字号”，出版“军字号”的【新疆日报】。
新疆造反派三新不甘心失掉他们的舆论宣传阵地，千方百计想再次夺权。在军字号出版不久，三新就成立了炮轰联络站，对军字号进行了长时间的炮轰。
五月八日凌晨，三新组织上万群众进行反查封，他们里应外合，冲击占领报社，强行从报社军管会手中夺走了报社的领导权，查封军字号，在查封过程中，三新与三促派发生了大规模的武斗，导致三百多人受伤，一人死亡。【新疆日报】事件是新疆武斗的开端。
当天，中央文革办事组、全军文革小组办公室致电新疆军区和两派群众组织，要求“立即停止武斗”，“【新疆日报】社是军管单位，各群众组织都不要去冲，也不要查封，进入报社的外单位群众组织应立即退出报社。”但是，这一指示并未得到执行，形成了军字号和造字号【新疆日报】并存出版的局面。
新疆军区的军事管制遭到三新一派群众组织的反对和抵制。三新出动宣传车，印发传单，把斗争矛头指向军区，把军管说成是“武装镇压’、疯狂反扑、利用军管压制打击革命造反派、是顽固坚持资产阶级反动路线的大暴露。”很多地方出现了辱骂、围攻、驱赶军管人员的浪潮。许多单位出现了围攻军管会、夺军管会印章的现象。市供电公司造反派纠集一千多人围攻军管会，殴打战士，向军管会施加压力，夺权委员会向军管会索要印章。卫生厅造反派砸开广播室门锁，抢占广播室，强行广播。
由于两派的矛盾不断加剧，军队的权威被销弱，导致发生大规模武斗。当时，乌鲁木齐的两大派以现在的南门为界，形成了对抗割据的局面，经常发生真刀真枪的武斗流血事件。接着，武斗从乌鲁木齐逐渐漫延到哈密铁路桥梁厂、石河子、客什、和田等地。大规模的武斗造成国家财产巨大损失和人员重大伤亡。
七月二十六日，新疆医学院发生大规模武斗。
七月二十八日，畜牧厅发生大规模武斗。
同日，周恩来为制止乌鲁木齐武斗给新疆军区发去指示：
一、立即制止武斗，由军队戒严，如果红二司再死一个人，要拿你们是问！
二、给南梁地区送面粉。
新疆三促会调集兵力，准备于七月二十八日夜包围新大、八农、新工等，企图一举打平三新派。
七月三十一日，农七师农校发生严重武斗。
九月二十八日，发生九、二八惨案。
仅在六月至十月间，在乌鲁木齐市、先后在新疆医学院、头宫、人民广场、八道湾、北门、肉联厂、第一师范等地发生了流血武斗。在十四日第一师范的武斗中，就导致数人死亡。
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